Asgar Asgard, bir metabolik yol rekonstrüksiyon yazılımıdır.
Şimdi İndirin

Asgar Sıralama ve Özet

Asgar Etiketler

metabolik yol Yolun Yeniden Yapılanması Biyolojik Dizeleme Açıklama metabolik patika yeniden yapılanma

Asgar Açıklama

Asgard, metabolik bir yol rekonstrüksiyon yazılımıdır. Asgard, metabolik bir yol rekonstrüksiyon yazılımıdır, aynı zamanda başka tür biyolojik dizi açıklama türleri (GO numaraları, patlama raporları) üretir. Asgard aracının UNIX benzeri sistemlerde çalışması amaçlanmıştır ve SGE veya PBS.Asgard'ı destekler ve dokümantasyonu GNU GPL V.3 ve GNU FDL V. 1.2 altında serbest bırakılır (lütfen için lütfen DOC / Kopyalama ve Doc / Doc_lice lisanslar. Splitter için kaynak kodunu istiyorsanız, lütfen benimle iletişime geçin, ya da doğrudan kabartma dağılımından elde edin. Lütfen, Asgard ve eşlik eden yardımcı programlar. : -V program sürümünü görüntüler ve çıkışlar; -H bu yardım mesajını görüntüler ve çıkışlar; Bu program, uzun DNA dizileri veya gen boyutlu DNA veya protein dizileri ile başlayarak çalıştırılabilir. -W Açıklamak için küçük dizileriniz varsa, bu seçeneği kullanın - patlama için daha küçük dizilere ayrılmayacaktır. (Varsayılan: Uzun Sıralar) - GFF dosyası oluşturulmaz, -G ve -S göz ardı edilir; -B sadece genel dB'ye karşı ilk patlama yapın ve durur (metabolik rekonstrüksiyon yok); -Q, boru hattının ikinci adımından başlayın (önceden yapılan genel dB'ye karşı patlama); -z sadece boru hattının son adımı yapılır (ikinci, "tersi" patlama zaten yapıldı); Zorunlu: -i fasta dosyası, ek açıklamak istediğiniz sırayla (lar); -P Blast Programı, Blastn, Blastp, Blastx, Tblastn veya TBlasTX'ten biri (hangisini kullanacağını bilmiyorsanız, patlama belgelerine bakın); -d patlama veritabanı kullanmak (formatdb ile oluşturulur, bkz. Blast Docs; Metabolik rekonstrüksiyonlar için, bu veritabanı ideal olarak Swissprot'tan türetilir; sadece genel patlama için, herhangi bir veritabanı yapacak); * -F Fasta Dizileri ile Blast Veritabanına karşılık gelen Dosya; - Yeniden yapılanma (-Z) için (-Z) için gerekli olan haritalama dosyalarının -L konumun (-Z); isteğe bağlı: -E E-değeri Patlama Aramalarında Kullanılacak (Varsayılan: 1E-6); -P Zamanlama yazılımına (PBS / SGE) iş göndermeyin; -J, her bir patlama aramasında geri dönmek için maksimum isabet sayısı (10); Patlama sonuçları için -M çıkış formatı (yalnızca -B, Varsayılan: 8 için geçerlidir); -S boyutunu kırmak için, -W (500 BP) kullanmıyorsanız; -Bu patlama, ilk yineleme için kullanılacak düğüm sayısı (10); - Her bir patlama komutu için kullanılacak düğüm başına işlemci sayısı (1); -K Aracı dosyaları (patlama veritabanları ve sonuçları) tutun, varsayılan onları siliyor - çok fazla yer alabilirler. -B Blast için kullanmak istediğiniz ek parametreler, bunun "-F F" veya '-F F' gibi, örneğin "-F F" veya '-F F' gibi, örneğin çıktı yanlış olacaktır.

Asgar İlgili Yazılım