Bio :: grafikler BIO :: SEQ nesnelerinin GD görüntülerini oluşturun.
Şimdi İndirin

Bio :: grafikler Sıralama ve Özet

Bio :: grafikler Etiketler

Perl modülü perl Görüntüler Gd GD görselleri

Bio :: grafikler Açıklama

Bio :: SEQ nesnelerinin GD görüntüleri oluşturun Bio :: Grafikler, Bio :: SEQ Objects.Synopsis # GD görüntülerini oluşturmak için bir Perl modülüdür. Bunun gibi ara: # red_and_blue.pl> redblue.png # şimdi resmi en sevdiğiniz resim uygulamasıyla görüntüleyebilirsiniz # Bu komut dosyası, komut # satırında adlandırılan bir Genbank veya EMBL dosyasını ayrıştırır ve bir PNG oluşturma üretir. Bunun gibi ara: # render.pl my_file.embl | Ekran - Sıkı kullanın; Bio :: grafiklerini kullanın; BIO :: SEQIO kullanın; $ dosya = vardiya veya öl "argüman olarak bir sıra dosyası sağlama"; $ io = bio :: seqio-> yeni (-File => $ dosyası) veya ölmek "Bio :: Seqio oluşturulamadı"; $ SEQ = $ IO-> Next_seq veya ölü "dosyada bir sıra bulamadı"; @Features = $ SEQ-> all_seqfeatures; # özelliklerini birincil etiketlerine göre sıralama% Sorted_Features; benim $ f (@Features) {benim $ tag = $ f-> primartic_tag; push @ {$ SortTed_Features {$ Tag}}, $ f; } $ wholeseq = bio :: SEQFeature :: Generic-> Yeni (-start => 1, -end => $ SEQ-> uzunluğu); $ Panel = Bio :: Grafikler :: Panel-> Yeni (-Length => $ SEQ-> uzunluğu, -key_style => 'Arasında', -Width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10 ,); $ Panel-> Add_Track ($ Wholeseq, -glyph => 'Ok', -Bump => 0, -Double => 1, -Tick => 2); $ Panel-> Add_Track ($ wholeseq, -glyph => 'jenerik', -bgcolor => 'mavi',-label => 1,); # genel vaka benim @colors = qw (mavi turuncu mavi mor yeşil chartreuse macenta sarı aqua); $ IDX = 0; $ Etiketim için (Sırala% Sorted_Features) {$ Özellikler = $ Sıralama_Features {$ Tag}; $ Panel-> Add_track ($ Özellikler, -glyph => 'jenerik', -BGColor => $ renkler , -fgcolor => 'siyah', -font2color => 'kırmızı', -key = > "$ {tag} s", -Bump => +1, -Height => 8, -Label => 1, -Description => 1,); } $ Panel-> PNG; 0 çıkın; Gereksinimler: · Perl

Bio :: grafikler İlgili Yazılım