Chromosome :: Harita Kromozom Haritalarının GD görüntülerini oluşturun
Şimdi İndirin

Chromosome :: Harita Sıralama ve Özet

Chromosome :: Harita Etiketler

Perl modülü jeneratör haritalar GD görselleri kromozom haritaları kromozom

Chromosome :: Harita Açıklama

Kromozom haritalarının GD görüntülerini oluşturmak Kromozom :: Harita kromozom haritası resim dosyası üretebilir bir Perl modülüdür. Genetik ya da fiziki çizmek için kullanılabilir. Çeşitli parçalar (işaretleyici yani listesi) kromozom haritaya ekleme olabilir: belirteçler izlemek ve QTL aralığı bölge parça (özet bakınız). Bir kod renkleri listesi http://chicken.genouest.org/documentations/chromosomemap/#colorsSYNOPSIS # mevcuttur! / Usr / bin / perl -w # Bu script birkaç belirteçler ve QTL # aralık bölgesi ile bir kromozom haritası üretmek. Sahte% GC içeriği katı kromozom kullanımına ilave edilir; Kromozom kullanmak :: Harita; my% H = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', LEI456 => '132', LEI451 => '130', LEI452 => '130.5', LEI453 => '130.7', LEI454 => '131', LEI455 => '131.4', LEI457 => '132', MCW087 => ' 50' , MCW012 => '12', MCW051 => '51', ADL121 => '26', ADL123 => '27', ADL122 => '26 .2' , MCW114 => '45', LEI258 => '15 ' MCW240 => '45 .1' , MCW247 => '110', LEI556 => '44', MCW614 => '45 .2' , ADL067 => '5.3', MCW140 => '45 .2' , => '45 LEI056 .6' ,); Benim $ haritası = Kromozom :: Harita-> yeni (uzunlukta => '140', -adı => 'GGA5', -height => '500', -Birimler => 'cM',); Benim $ size = $ Harita-> get_map_size; Benim $ birimleri = $ Harita-> get_map_units; $ Boyutu $ birimleri: "Harita boyutu yazdırmak "; Benim $ mark_track = Kromozom :: Harita :: Parça-> yeni (-adı => 'İşaretleyiciler' tipi => 'işaretleyici'); benim $ qtl_track = Kromozom :: Harita :: Parça-> Yeni ( -adı => 'QTL', tipi => 'aralık',); benim $ GC_track = Kromozom :: Harita :: Parça-> yeni (-adı => '% GC içeriği', tipi => 'özelliği' , -display => 'göreli', -render => 'gradyan',); # eşleştirmek için parçalar ekleyerek $ Harita-> add_track ($ mark_track); $ Harita-> add_track ($ qtl_track); $ Harita-> add_track ( $ GC_track); benim $ nb_track = $ Harita-> get_nb_tracks; print "Nb parça: $ nb_track "; Sadece açıklayıcı amacım% GC için parça # içerisinde Üretme sahte özelliği göreceli elemanları ve bunları eklemek; i = 0 (benim $ için; $ INEW (LoC => $ nb, -renk => 'çivit', - değeri => $ GC {$ nb}, -valuetype =>), 'göreli'; $ GC_track-> add_element ($ gc);} benim @color = qw (blueviolet darkgoldenrod siyah softblue haki mavi domates kırmızı); foreach benim $ işareti (tuşlar% H) {my $ i abs (int (rand ($ # Renk))) =; benim $ işaretleyici = Kromozom :: Harita :: elementi-> yeni (-adı => $ işareti, LoC => $ H {$ işareti}, -renk => $ Renk ); $ mark_track-> add_element ($ işaretleyici);} # (QTL benim $ QTL1 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni bir unsur tanımla -adı => 'BW' -start => '3', -end => '11', -renk => 'darkgoldenrod'); benim $ QTL2'nin = Kromozom :: Harita :: blok-> (yeni - adı => 'FAT' -start => '92', -end => '100', -renk => 'darkgoldenrod'); benim $ qtl3 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni (-adı => 'YALIN' -start => '112', -end => '120', -renk => 'darkgoldenrod'); benim $ qtl4 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni (-adı = > 'YUMURTA DEV' -start => '95', -end => '115',); benim $ qtl5 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni (-adı => 'IC' -start => '91', -end => '122', -renk => 'blueviolet',); Benim $ qtl6 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni (-adı => 'DOĞDU' -start => '20', -end => '130',); Benim $ qtl7 = Kromozom :: Harita :: blok-> yeni (-adı => 'ÜREME' -start => '20', -end => '130',); $ Qtl_track-> add_element ($ QTL1); $ Qtl_track-> add_element ($ QTL2'nin); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl3); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl4); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl5); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl7); benim $ png = $ Harita-> png; = "Chr_map.png" Benim $ filename_png; açık (PNG, "> $ filename_png") || "Dosyasını oluşturamıyor die: $ filename_png! "; Binmode PNG; PNG $ png yazdırmak; yakın PNG; Gereksinimleri: · Perl

Chromosome :: Harita İlgili Yazılım