Ekme makinesi DNA dizilerinde motif keşif
Şimdi İndirin

Ekme makinesi Sıralama ve Özet

Ekme makinesi Etiketler

Perl modülü perl diziler DNA DNA dizileri

Ekme makinesi Açıklama

DNA dizilerinde motif keşif Ekme makinesi, bir taban sınıfı olan bir perl modülüdür ve kendisini başlatmamak anlamına gelmez. DNA Motif keşfi için bir çerçevedir. Ökaryotik promotörlerde düzenleyici motiflerin verimli ve güvenilir bir şekilde tahmini için tasarlanmıştır. DNA motifleri oluşturmak için, Fasta formatında (benzer bir cis düzenleyici eleman içerdiğine inanır) ve Fastra formatında DNA dizilerinin bir arka plan setinin bir pozitif DNA dizisine ihtiyacınız var. DNA dizilerindeki motifleri keşfetmek için bu diziyi takip et : (1) Endeksin üretimi (bu yapı HD hesaplamanın performansını iyileştirir). Tohum genişliğini 6 ile 8 arasında kısıtlayın. Ekme makinesi :: dizin kullanın; $ indeks = ekme makinesi :: index-> yeni (tohum_width => "6", Out_File => "6.Index",); $ index-> get_index; (2) Arka plan dağıtımlarının oluşturulması. Ekme makinesi :: arka plan kullanın; $ Background = Feeter :: arka plan ", Strand =>" REVCOM ", HD_INDEX_FILE =>" 6.Index ", SEQ_FILE =>" SEQS.FASTA ", Out_File =>" SEQS. bkgd ",); $ arka plan> Get_background; (3) Motif keşfi. Ekme makinesi :: Finder kullanın; $ Finder = Finder :: Finder-> Yeni (Seed_Width => "6", Strand => "Revom", motif_width => "12", n_motif => "1", HD_index_File => "6.Index", SEQ_FILE => "prom.fasta", bkgd_file => "SEQS.BKGD", Out_File => "Prom.Finder",); $ Finder-> Find_Motifs; Gereksinimler: · Perl

Ekme makinesi İlgili Yazılım