CLC DNA Workbench
Kullanıcıların çok sayıda gelişmiş DNA dizisi analizini yapmasını sağlayan bir yazılım ortamı. ...
 | MurkaBiyolojik dizilerin hizalamalarından medyan ağlarla ve Steiner ağaçlarıyla çalışmak için yazılım. |
| Şimdi İndirin | |
Murka Sıralama ve Özet
Reklamcılık
Murka Etiketler
Murka Açıklama
Biyolojik dizilerin hizalamalarından medyan ağlar ve Steiner ağaçları ile çalışmak için yazılım. Murka, biyolojik dizilerin hizalamalarından, parsimonistik filojenleri (yani minimum maliyet ağaçlarının) çıkarmak için ücretsiz bir yazılımdır. Bu yazılımın arkasındaki teori, iki algoritmik yaklaşımın bir kombinasyonudur: medyan ağları (80'lerin başlarında cebirinde tanıtıldı ve daha sonra filogenetiklerde çok faydalı olduğu ortaya çıktı) ve Steiner ağaçlarını grafiklerden çıkardığı ortaya çıktı. Bu kombinasyonun avantajı, asgari maliyet ağaçlarının neredeyse tamamen kapsamı, bir kaynak hizalamasından kaynaklanan ve birçok örneğin performansının, özellikle topolojilerle çalışan kişilerle tamamen çözülmesi için pek çok örneğin tamamen çözülmesi için tolere eder. Tam algoritmalara ek olarak, sezgisel yöntemler de mevcuttur. Murka bu alandaki ilk program değil. Ortanca ağlarla çalışmayı hedefleyen en az iki kamuya açık ve ücretsiz yazılım paketi vardır. FLUXUS MÜHENDİSLİĞİ Ağı ve AWC Spectronet'dir. Murka, telif hakkı sınırlaması olmayan ve LGPL altında dağıtılan ilk openessource programı gibi görünüyor. Murka, zayıf performansın olan bir Steiner problem çözücünü içerir, ancak orta ölçekli (2K-3K kenarlı) Steinlib kıyaslamalarının çoğunu makul bir zamanda çözebilir. Giriş ve çıkış dosyası formatları, FLUXUS ağı tarafından kullanılanlarla uyumludur. Steiner çözücü, STP dosyalarıyla çalışır. Elde edilen ağların görselleştirilmesi için GraphViz yazılımının .dot formatını seçtik. Murka, Linux ve Windows platformları altında test edilen bir komut satırı yazılımıdır. Şu anda iki Gardware platformu desteklenir: x86 (IS-32) ve IA-64 (Itanium2).
Murka İlgili Yazılım
