Pathvisio Biyolojik yolları kolayca görüntülemek ve düzenlemek
Şimdi İndirin

Pathvisio Sıralama ve Özet

Pathvisio Etiketler

resim çizme biyolojik Biyolojik yollar yol çizmek Pathways Editor yol

Pathvisio Açıklama

Biyolojik yolları kolayca görüntülemek ve düzenlemek PathVisio, biyolojik yolları görüntülemek ve düzenlemek için bir uygulamadır. Bir anlamda PathVsio, PowerPoint veya Photoshop gibi, herhangi bir çizim programında yaptığınız gibi yolları çizmenize olanak sağlar. Ancak fark, PathVisio'nun bir yolun biyolojik bağlamını anlayabileceğidir, çünkü biyolojik varlıkları (genler veya proteinler), veri tabanı tanımlayıcılarını kullanarak biyolojik verilere yol açabilirsiniz. Bu, deneysel verileri (örneğin mikroarray verileri) eşlemenize izin verir ve Yol çiziminin üstünde. Not: Deneysel verilerin eşlenmesi henüz bir PathVisio 1.1 özelliği değildir, ancak bunu GenmApp ile kombinasyon halinde veya PathVsio için ek eklentilerle yapabilirsiniz). İşte "PathVisio" nun bazı önemli özellikleri: Yeni bir yol yaratma: · CTRL + N veya Dosya> Yeni'yi seçerek yeni bir yol oluşturun. Pathway'i düzenlemeye başlayabileceğiniz boş bir çizim alanı açılacaktır. Bir yolu kaydetmek için, CTRL + S'yi tıklatın veya Dosya> Kaydet'i seçin. Mevcut bir yolu açmak: · CTRL + O tuşlarına basarak veya Dosya> Aç seçeneğini belirleyerek mevcut bir yol dosyasını açın. İstediğiniz yol dosyasına gidebileceğiniz bir dosya tarayıcısı açılır. Pathways Arama: PathVisio, belirli bir gen ürünü içeren yolları aramanızı sağlar. Yolları iki şekilde arayabilirsiniz: · Gen sembolü (gen adı) · Gen tanımlayıcı (eşanlamlı veritabanında tanımlandığı gibi) Gen sembolü ile arama: · Bu yöntem, gen sembolünün belirtilen arama metnini içerdiği bir veya daha fazla gen ürünü içeren tüm yolları arar. Sembolün tam olarak arama metniyle eşleştiği, "" "" "TP53" eklenmesi için "" "TP53" 'nin tam eşleşmesi için "" eklediği gen ürünlerini bulmak için. · Aramayı başlatmak için, yan paneldeki Pathway Arama sekmesine gidin veya Düzenle> Arama Pathways'i seçin. Arama arayüzünde, aşağı açılır listeye göre arama sembolünü seçin. · Sembol metin alanında aramak istediğiniz gen sembolünü yazın. · Gözat düğmesini kullanarak aramak istediğiniz dizini seçin (alt dizinler dahil edilir). · Aramayı başlatmak için Arama düğmesini tıklayın. Gen tanımlayıcı ile arama: · Bu yöntem, verilen tanımlayıcıya karşılık gelen bir veya daha fazla gen ürünü içeren tüm yolları arar. Eşanlamlı veri tabanında çapraz referanslar yoluyla bağlantılı olan gen ürünleri de dahildir. · Aramayı başlatmak için, yan paneldeki Arama sekmesine gidin veya Düzenle> Arama Pathways'i seçin. Arama arayüzünde, aşağı açılır listeye göre aramada kimlik seçin. · Kimlik metin alanında aramak istediğiniz gen tanımlayıcısını yazın. · Kimlik ait olan veritabanı sistemini seçin (ayrıca veritabanlarına bağlantıya bakın). · Gözat düğmesini kullanarak aramak istediğiniz yol dosyalarını içeren dizini seçin (alt dizinler dahil). · Aramayı başlatmak için Arama düğmesini tıklayın. Tarama arama sonuçları: · Arama sonuçları yan panelde görüntülenecektir. Sonuçlar tablosu, sembolü veya tanımlayıcıyı aranan bir veya daha fazla gen ürününe sahip olan yolları göstermektedir. Tablodaki bir yolu çift tıklarsanız, PathVsio bu yolu açar ve ilgili gen ürünlerini yeşil bir taslakla vurgulayacaktır. Bu vurgulamayı engellemeyi kontrol edebilirsiniz. Gereksinimler: · Java 2 Standart Sürüm Çalışma Zamanı Ortamı Bu sürümde yenilikler: · Bir çapa işaret eden otomatik konektörler için geliştirilmiş algoritma. · Sonunda kısa bir "boşluk" olan ok tiplerinin geliştirilmesi. · Çünkü Thawte FreeMail servisi iptal edildi, güvenlik sertifikamızı güncelledik. · Yol Tarihi Görüntüleyicisi, olmasa bile, her satırın değiştirilmiş olduğu bir hata vardı. Bu düzeltildi.

Pathvisio İlgili Yazılım