Peptit :: PubMed Peptid :: PubMed, peptid dizilerini medline makale özetlerinden ayıklayabilen bir perl modülüdür.
Şimdi İndirin

Peptit :: PubMed Sıralama ve Özet

Peptit :: PubMed Etiketler

Perl modülü Ayıkla Peptit dizilerini özütleyin Medline makale özetleri peptit

Peptit :: PubMed Açıklama

Peptid :: PubMed MEDLINE makale özet gelen peptit sekanslarını çıkarmak bir Perl modülüdür. Peptid :: PubMed Medline makale abstracts.SYNOPSIS kullanımı Peptid :: Pubmed'de gelen peptit sekanslarını çıkarmak bir Perl modülüdür; $ Çözümleyici = Peptit :: Pubmed-> Yeni; in = $ {Sayfalar => q Eser => q , Journal of => q , Başlık => q , Özet => q , kafes => q , kimyasal => q }; $ Parser-> parse_abstract (içinde $); 1. harfli semboller peptid dizilerini almak (# kelime araya tüm kelimeleri seçmek / Anahtar mı eşik olan # WordAbstScore> = WordAbstScoreMin): @seqs = $ parser-> get_seqs; "@Seqsn" yazdırmak; # Baskılar: 'yukarıdaki gibi # aynı EYHHYNK RGD'EXAMPLES, ayarlanan eşik açıkça: $ parser-> WordAbstScoreMin (0.4); @seqs = $ parser-> get_seqs; # Grubu, düşük eşik daha fazla peptid dizisi olsun (ama başka # yanlış pozitif almanın bir maliyetle) $ parser-> WordAbstScoreMin (1) için; @seqs = $ parser-> get_seqs; "@Seqsn" yazdırmak; # Baskılar: 'EYHHYNK RGD ACCCGTNA VEGFRI' # sıfırlama eşiği arka: $ parser-> WordAbstScoreMin (0.4); # Soyut için daha fazla veri almak: $ abst = $ parser-> get_abst; yazdırmak "$ abst -> {AbstScore} n"; # Soyut puanı, aralığı baskı "$ Abst -> {AbstMtext} n" in; # Dizileri ile arka işaretlenmiş: # 'peptid dizileri EYHHYNK ve Arg-Gly-Asp, # ancak ACCCGTNA veya VEGFRI.' # Get peptid dizilerine ek olarak bir deyişle daha fazla veri: @words = $ parser-> get_words; "$ Kelime -> {WordAbstScore} n" aralığı baskı benim $ sözcüğü (@words) {# kombine kelime / soyut puanı için; soyut bulunduğu gibi # kelime, mesela 'Arg-Gly-Asp,' print "$ kelime -> {WordOrig} n"; 1. harfli semboller peptid dizisi, örneğin 'RGD' "$ sözcüğü -> {WordSequence} n" yazdırmak; } # Hiçbir zorunlu girdi alanlar vardır. Bu da çalışacaktır ancak düşük puan verebilir. in = $ {Özet => q, }; $ Parser-> parse_abstract (içinde $); @words = $ parser-> get_words; # Resim peptid dizileri boş giriş bulunur: $ = undef içinde; $ Parser-> parse_abstract (içinde $); @words = $ parser-> get_words; Gereksinimler: · Perl

Peptit :: PubMed İlgili Yazılım