SODYUM Sodyum Biyolojik makromoleküllerin etrafında iyonlar düzenler.
Şimdi İndirin

SODYUM Sıralama ve Özet

SODYUM Etiketler

İyon aranjcı SODYUM

SODYUM Açıklama

Sodyum biyolojik makromoleküller etrafında iyonlar düzenler. Bu program, gerekli sayıda sodyum iyonunu bir elektrik yükü, örneğin, bir biyolojik makromolekülün atomları (protein, DNA, protein / DNA kompleksi) etrafına yerleştirir. İyonlar, Elektrostatik enerji, en küçük değerleri elde eder. Her iyonun yerleştirilmesinden sonra enerji yeniden hesaplanır. Enerji için basit bir coulombik formül kullanılır: Enerji (R) = Sum (i_atoms, iyonlar) Q_i / | r-r_i | Tüm sabitler bu formülden düştü ve bazı garip enerji birimlerine neden olur; Bu, enerji karşılaştırması amacıyla önemli değil. Programı hızlandırmak için, makromolekülün atomları, orijinal konumlarına en yakın olan ızgara düğümlerine yeniden yerleştirilir. Sonuçta ortaya çıkan hatanın küçük olduğuna kıyasla küçük olduğuna inanılmaktadır veya Basitleştirilmiş enerji işlevini kullanmaktan. Yerleştirilen iyonların koordinatları, daha fazla kullanım için PDB formatında yazdırılır. Yerleştirilen iyonların ayrı bir monte carlo veya moleküler dinamik simülasyonunda dengelenmesi önerilir. Programdaki önemsiz değişiklikler, çok değerli iyonların herhangi bir kombinasyonunun farklı masrafların yerleştirilmesine izin vermelidir.

SODYUM İlgili Yazılım