Staden paketi Staden paketi tamamen gelişmiş bir DNA dizisi montajı, düzenleme ve analiz araçlarıdır.
Şimdi İndirin

Staden paketi Sıralama ve Özet

Staden paketi Etiketler

veri analizörü sekans toplantı DNA DNA dizisi dizi montajı

Staden paketi Açıklama

Staden paketi tamamen gelişmiş bir DNA dizisi montajı, düzenleme ve analiz araçlarıdır. Staden Paketi, UNIX, Linux, MacOSX ve MS Windows için tam gelişmiş bir DNA Sırası Meclisi (GAP4), Düzenleme ve Analiz Araçları (Sıkma), GAP4 Cephesi Bulunduğunuzda, Nasıl Kiralandığına İlişkin Birkaç Küçük Katılımı Yapıldı. Birleştirme Editöründeki Hizalama düğmesinin iç katılımları ve işlenmesi. GAP4'ün sonucunun yanı sıra, IO_LIB'deki çeşitli değişikliklerdir (tüm G / Ç için Thelibrary, çeşitli izleme dosyası formatlarına). Yeni bir hash_exp programı eklentisiyle, şimdi deney dosyalarının birlikte beconcatenated ve indekslenmesini sağlar. Deneme dosyası NamessHould Stil, GAP4'e verilecek, ancak Exp_Path Çevre Çözünebilir'e doğru ayarlanmış olması şartıyla GAP4, GAP4, birleştirilmiş deneylerden birdenbirler bireyselleştirebilecek. Bunun için hala kullanıcı arayüzü için yapılan iyileştirmeler. 454 SFF arşivleri artık daha iyi destekleniyor. DEFSULT 454 IndiesNow çalışması, HASH_SFF programı, Analternatif indeksleme stratejisini (muhtemelen bazı durumlarda daha hızlı) sağlamak için kullanılabilir. Bu durumda, kanalso, baz başına 1 yerine 4 güven değeri çeker. Bu aşamalarda, Solexa izlerinin daha iyi bir şekilde entegrasyonunu daha iyi bir şekilde entegrasyon sağlar. Ayrıntılar için TheFull Değişim Günlüğü'ne bakın (SourceForge Site üzerinden) .Diğer kayda değer değişikliklerGap4 · Çeşitli SNP adayları iyileştirmeleri. "Korelasyon ofseti" şimdi ayarlanabilir (bu, gruplar otomatik birleştirilecek şekilde kabul edilmeden önce gereken ortalama korelasyon skorunu kontrol eder). SNP Baz Aramaları şimdi% 100 kimlik gerektirmek yerine bir fikir birliği oluşturarak çalışır. Şimdi Refs Note içeren dizileri atlar. Birleştirme, grup sayısı önceden belirlenmiş bir miktardan küçük veya ona eşit olana kadar zorlanabilir (NB: genellikle ideal değil). · Karıştırmalı pedler, hizalamalar için bir "bant boyutu" parametresi vardır. Ayrıca çeşitli yerlerde hata düzeltildi. · Eski Editör Shuffle komutu, şerit pedleri ile değiştirildi. Şimdi sadece tüm ped sütunlarını kaldırır ve hiç de ped hareketi yoktur. · Katıl Editör Hizası düğmesi şimdi tekrarlanan verilerdeki uzun hizalamaları işleme ile daha iyi başa çıkacaktır, umarım "dinamik programlamanın pratik programlamanın pratik kullanımı için çok uzun süredir" mesajından kaçınmak davalar. Ayrıca şimdi "hizala" düğmesinin her iki tarafında "" düğmelerine sahip. Bu, hizalamanın bir ucunu mevcut örtüşme konumuna bağlayın ve ardından yalnızca bu noktadan sola veya doğru şekilde hizalanır. Bu, birleştirmeyi, birden fazla tekrarlama elemanından oluşan verileri hizalayarak yararlı olan belirli bir konumda bir hizalamayı zorlamaya yardımcı olur. · Bulunan hizalar artık, şimdi kimliğine ek olarak hizalama puanını dikkate alır. Bu, artık% 100'lik bir kimlikte 100bp örtüşmeyeceği anlamına gelmez,% 99 kimliğinde bir 2KB örtüşmeden daha iyi bir örtüşme olarak kabul edilemez. · Contig navigasyon penceresi artık önceki ve sonraki maç için sayfa UP ve SAYFA AŞAĞI KEYBİNDINGS'e sahip. Ayrıca, "Otomatik Ekran İzleri" işlevselliğini kullanarak "Otomatik Ekran İzleri" işlevini kullanarak uygun bölgelerdeki izleri otomatik olarak görüntüleme yeteneğine sahiptir. . · Rawdata (tanımlandığında) tercihinde kullanmak için TrACE_PATH ve EXP_PATH ortam değişkenlerini ekledi. · Şimdi daha hızlı web tabanlı iz alma için wget yerine libcurl kullanıyor.

Staden paketi İlgili Yazılım