Zahmetli Mindy minimal bir moleküler dinamik programıdır.
Şimdi İndirin

Zahmetli Sıralama ve Özet

Zahmetli Etiketler

Program dinamik Dinamik Programı Zahmetli

Zahmetli Açıklama

Mindy minimal bir moleküler dinamik programıdır. Mindy, NAMD kaynak kodundan türetilen çok basit, seri bir moleküler dinamik programıdır. Şu anda Xplor parametresi ve yapı dosyalarını kullanır. Program çok basit bir C ++ ile yazılmıştır. MontajPack dağıtımı. "Mindy" adlı bir dizin oluşturulacak. Mindy dizininde iki alt dizin, "src" ve "test". "SRC" dizini, Mindy'i oluşturmak için kaynak kodunu ve makefile içerir. Farklı bir derleyici veya farklı derleyici bayrakları kullanarak zihin oluşturmak istiyorsanız, makefile'deki yapı hedeflerinden birini kullanın ya da yeni bir tane ekleyin. Yürütülebilir, Platformun Platform olduğu Mindy_ $ Arch olarak adlandırılır. Varsayılan olarak, bu "G ++". Pdbfile ve Psffile, simüle etmek istediğiniz sistemin sırasıyla koordinat ve yapı dosyalarıdır. ParamFile, parametre dosyanızın adıdır. Hem PSF dosyası hem de parametre X-Plor formatında olmalıdır. Test dizini, zihniyet için girdiler olarak kullanılabilecek iki dosya grubunu içerir. "Alanin" bir 66 atom polipeptididir ve "BRH", 3762 atom içeren bir bakterioodopsin kristal yapısıdır. Mindy 1000 alanin.pdb alanin.psf alanin.paramsat komut satırını yazarak alanin'i çalıştırın.

Zahmetli İlgili Yazılım