metasq Entegre analiz için çerçeve ve yonga / rip / rna / * - SEQ verilerinin komploları
Şimdi İndirin

metasq Sıralama ve Özet

metasq Etiketler

Python Kütüphanesi Python veri analizörü Huzur içinde yatsın yonga veri çizimi

metasq Açıklama

Metaseq, Chip-SEQ, RNA-SEQ veya her şeyin bir kombinasyonu ile çalışmayı kolaylaştıran bir Python çerçevesidir. Bininler, TSS +/- 1KB) Yukarı düzenlenmiş genlerin bir RNA-SEQ deneyinden bir RNA-SEQ deneyinden paralel işleme desteğinden kıyasla, gerçek sayı, sabit sürücü hızı ve sayınız arasındaki bir dengedir. çekirdekler. Sinyal doğrudan IP ve Giriş BAM dosyalarından hesaplanır ve kütüphane boyutuna ölçeklendirme Sonuç, nomy bir dizinin olduğu için verileri normalleştirir; Çip-SEQ'nın mekansal dağılımı TSS'lerinin etrafında zirveleri. Bir matris, bir yatak veya bigbed dosyası kullanarak, bir yatak veya bigbed dosyası kullanarak aynı arabirim kullanılarak oluşturulabilir, yine DESEQ sonuçlarının (Basemeana vs BasemeAnb), noktanın sayısına göre renklendirildiği Matplotlib'teki Callback işlevlerini kullanarak gendeki çip pikleri, bir noktaya tıklamak, gen bilgisini yazdırabilir veya pikörlerin açıklanmış genler içindeki zirvelerin düştüğü grafik çizelgelerinin mini genom tarayıcı görünümünü gösteren bir pencereyi bile açabilirler - TSS , poli-a site, intron, ekson, vb. Mümkün olan yerlerde, girişler standart formatlardır - yatak, GFF, GTF, BAM, SAM, DESEQ sonuçları R'den kaydedildiği gibi veya hatta bir başlığı olan keyfi sekmeyle sınırlandırılmış veri dosyaları. Bigwig veya Bigbed'a dönüştürmek için zaman ayırırsanız, performans, esnek, sezgisel ve güçlü bir çerçeve sağlamak için mevcut python paketlerinin büyük bir vücudunun omuzlarında geçerli olacaktır. Bu paketler şunlardır: - BAM FILES-BX-PYTHON'un BigWIG ve Bigbed Dosyalarına Erişim İçin Python Pysam, Hızlı, Etkileşimli ve Son derece Esnek Arsa - Hızlı Diziler için Numpy-Scikits - Scikits. Uygulama anlamına gelir) - PybedTools, BedTools süitine, esnek ve güçlü "genom cebiri" ve özellik düzeyinde manipülasyon için bir arayüz, gen ek açıklamaların hiyerarşisini gezmek için hafif bir veritabanı çerçevesi (Exon -> Transcript -> Gene) Bu çeşitli paketler arasında "tutkal" sağlamak için CIN'de hesaplamalı olarak yoğun kodun uygulanması için Portatif Bir Format-Sitin, MetaseQ ayrıca, Sitin'de yazılı biriktirme kodunu ve verilerinin paralelleştirilmesi için yardımcıları sunar.

metasq İlgili Yazılım