CANAVAR ücretsiz indirme, yazılım indirmede CANAVAR indirme

Bayesian MCMC Moleküler Dizilerin Analizi İçin Çapraz Platform Uygulaması Canavar (Bayesian Evrimsel Analiz Örnekleme Ağaçları), moleküler sekanslardan evrimsel çıkarım için ücretsiz ve açık kaynaklı bir uygulamadır. Canavar tamamen, sıkı veya rahat moleküler saat modelleri kullanılarak çıkarılan köklü, zaman ölçülen filojenilere yönlendirilir. Beast, MCMC'yi ağaç alanının üzerinden ortalama olarak kullanır, böylece her ağaç arka fazlasıyla orantılıdır. İşte "Canavar" ın bazı önemli özellikleri: · Sabit oran moleküler saat modelleri. · Bu varsayılan modeldir. Ağaç bir mutasyon hızı belirterek kalibre edilebilir. · Değişken oranı (rahat) moleküler saat modelleri. · Drummond, Ho, Phillips ve Rambaut (2006, PLOS Biology) 'nın bilinmeyen rahatlamalı saat modellerini uygular. Tam alıntı için aşağıya bakınız. · Farklılık tarih tahminleri. · Belirli en son ortak atalar için ayrışma tarihleri (MRCA) tahmin edilebilir. · Çağdaş olmayan sekanslar (! Tipdate) moleküler saat modelleri. · Dizilerle ilgili tarihlerdeki farklılıklar, tüm ağacın yaşının önemli bir kısmını oluşturduğunda, bu tarihler, ikame oranı hakkında bilgi kaynağı sağlayan modele dahil edilebilir. · Siteler arasında yer değiştirme modeli heterojenliği. · Farklı siteler için farklı yer değiştirme modelleri belirtilebilir. Örneğin, her kodon pozisyonunun farklı bir ikame matrisi ve gama hiterojenliğinin gama modeline izin verilebilir. · Esnek model özellikleri. · Model-spesifikasyon dosya formatı, önemli esneklik sağlar. Örneğin, her kodon pozisyonunun farklı bir orana, farklı bir oran heterojenliğinin fakat aynı geçiş / geçiş oranının farklı bir oran olduğunu belirtmek mümkündür. · Değiştirme modellerinin aralığı. · Canavar (Bayesian Evrimsel Analiz Örnekleme Ağaçları), moleküler sekanslardan evrimsel çıkarım için ücretsiz ve açık kaynaklı bir uygulamadır. · Parametrelerde esnek Privers seçimi. · Herhangi bir parametre daha önce verilebilir. Örneğin, ağacın kökünün yaşı, belirli bir ortalamadan önce bir üstel verilebilir. · Nüfus büyüklüğü ve büyümesinin birleşimi modelleri. · Çeşitli birleştirici nüfus artışı modelleri kullanılabilir. Şu anda, sabit boyutta ve üstel büyüme mevcuttur, ancak yakında daha fazlası eklenecektir. Bu modeller temel olarak ağaçtaki düğümlerin yaşlarında önceden belirgindir, ancak parametreler (nüfus büyüklüğü ve büyüme hızı) örneklenebilir ve tahmin edilebilir. · Çoklu lokuslu birleştirici modeller. · İki bağlantısız gen, aynı birleştirici nüfus modeline ancak çoklu lokuslu birleştirici çıkarımın üretimine izin veren farklı bir ikame süreci ve ağaç verilebilir. · Yerel saat moleküler saat modelleri. · Ağaçtaki farklı kapakların farklı oranlara sahip olmasını sağlamak (veya gerçekten de tamamen farklı ikame işlemleri). Bu sürümde yenilikler: Yeni özellikler: · Beast'in GUI sürümleri, yalnızca komut satırı tarafından kullanılabilir olan çeşitli seçenekler ayarlamak için bir iletişim kutusu göster. Hata düzeltmeleri: · Sayı 55: MCMC Ekran Günlüğü şu anda çalışmıyor. · Sayı 70: Kodon pozisyonlarına güzellik ve bölüm · Sayı 72: Beauti, GTR model parametrelerini zorlaştırmalı · Sayı 122: Beauti -> İstisna'da CTRL-A · Sayı 127: Beauti Önceden Panel, önceki üst ve alt göstermiyor · Sonsuzluk · Sayı 128: Beauti: Ağaç Önceki lojistik büyümesi için mevcut değil · Kalibrasyon · Sayı 146: Beauti: İkili Covarion Model · Sayı 169: Beauti'deki dosya adını düzenleme, yerleştirilmeye neden olur · Sonuna atlamak için · Sayı 173: Beauti: Kısmen Bağlantı İstisnası · Sayı 181: Beauti: Eklendiğinde Varsayılan Davranış Yapmanıza Gerekenler · Tümünü açtıktan sonra ek hizalama · Sayı 193: Geliştirilmiş Yakınsama Teşhis: Etkili boyutunu hesapla · Örnekleri birleştirerek kombine koşular · Sayı 194: Beauti: Değeri değiştirirken önceki ayar istisnası · Sayı 199: Tracer, katlandığında sadece ilk günlük dosya girişini gösterir. · Girişler aynı ada sahip · Sayı 201: MCMC Panelinde Dosya Adı Stem'i Düzenleme Ekleme Noktasına Neden Oluyor · Sonuna atlamak için · Sayı 202: JDK 1.6 sınıfları üreten komut dosyaları oluşturun, böylece dağıtım başarısız olur. · JDK 1.5 olan makinelerde · Sayı 203: nükleotidelikelihoodcore.dll dosyasının bağlantısını etkileyen başlatma4J hatası · Sayı 204: Beauti: Ağaç Önceki Sabit Boyut Node Kalibrasyonu için Çalışmıyor · Sayı 205: Windows kullanarak konsolda Tittle Bilgi kayboldu · Canavar'ı çalıştıracak · Sayı 209: Patojen dozu derleme değil · Sayı 211: Beauti: Amino Asit Site Modeli XML Yanlış · Sayı 212: Beast Linux versiyonu: Chmod 755 * gerekir · Sayı 215: Mac Ambalaj için varsayılan bellek tahsisleri çok küçük · Sayı 216: Linux paketleme için varsayılan bellek tahsisleri çok küçük · Sayı 217: Mac OS X Ambalajı ile ilgili sorunlar · Sayı 218: Beastmain seçenekleriyle iletişim kutusu "Yasadışı giriş değeri · 1 ile 21474863647 arasında olmalıdır " · Sayı 220: Komut satırında canavarı başlatmak için kabuk komut dosyaları başa çıkamaz · Yoldaki boşluklarla. · Sayı 221: Yerinde ikame model operatörleri · Sayı 222: Sadece 1 bölüm ne zaman 'treelikelihood' naming · Sayı 223: 'Operatör Analizi' dosya adını bir özellik olarak ayarlayın. · MCMC Elemanı · Sayı 225: triepartitioncoalesent mevcut değil · Sayı 226: Release_parsers'daki ayrıştırıcılar. · Sayı 227: BeastDoc'un Beact kullanıcıları için DOC etiketini oluşturmak için düzelt · Sayı 229: Çerçeveyi test etmeden başka bir başarısızlık · Sayı 231: Performans ölçümünün başlangıcını sonuna kadar geciktirin · Tam değerlendirme · Sayı 232: Mac (Windows?) Beast'in sürümü Console'yu hatayla kapatır · Sayı 234: Korkunç'un "ilk posterior sıfır" hata yapmasını sağlayın · Hata ayıklamak için daha kolay · Sayı 236: Dr.Evomodel.Operators.TraitGibbsOperator ile çoğaltılır · Yayın_parser.properties veya beastparser.java'daki ayrıştırıcılar · Sayı 237: Beauti: Takson Seti Çok Ağaç Bölümünü Kullanmıyor · Sayı 238: Sadece 1 bölüm olduğunda 'kalıpların' adlandırılması · Sayı 240: Beauti: Treelikelihood'un USEAMBIENGISIES varsayılan olmalıdır · Binay Covarion için doğru · Sayı 242: Beauti: USEAMBIGIUSION'ları seçmek için bir onay kutusu oluşturun. · İkili veri için Treelikelihood · Sayı 244: Acil: Varsayılan Önceden İnceleme · Sayı 247: Beauti: İmpirik İkili Seçen Frekanlarda Yanlış XML · Covarion modeli · Sayı 248: Beauti İstisnası (* Canavar) Bir ile aynı taksiyi bağlarken · Toplamda farklı taksonlar tarafından verilen ağaç modeli · Sayı 250: Beauti: Seçtiğinizde çok gen için yanlış hizalama blokları · "Boş hizalama oluşturun" · Sayı 253: Beauti, varsayılan prijeleri kontrol etmek için bir açılır kutu ekleyin. · Canavar Dosyasını Oluştur'u tıklayın. · Sayı 254: Beauti Generate XML oluşturun, tüm verilerden sonra devre dışı bırakılmalıdır. · Bölüm kaldırıldı · Sayı 255: Yayınlanan sürüm için Ayrıştırıcı uyarılarını varsayılan olarak kapatın · Sayı 256: Beauti: XML'de Yorum ekle "skyride.logpopsize log birimidir · Diğer popsize aksine " · Sayı 257: Beauti: İkili veriler ve birden fazla bölüm oluşturmaz · SiteModel doğru şekilde · Sayı 259: Beauti: Mac OS MCMC Panel Sorunu · Sayı 260: Beauti: Doğru İngilizce · Sayı 261: ID NULL ile hata ayırma elemanı · Sayı 262: TestCataclysmcoalescent.xml'in yanlış XML'i · Sayı 264: ImportException: Sayı Biçimi Hatası

CANAVAR İlgili Yazılım