Dawgpaws , dağıtılmış bir açıklama çalışma grubuna (DAWG), BAC boyutlu contig'lerin dizi açıklamasında yardımcı olur.
Şimdi İndirin

Dawgpaws Sıralama ve Özet

Dawgpaws Etiketler

sıra açıklamak gen gen ek açıklama Annotate genleri dizi açıklama

Dawgpaws Açıklama

BAC boyutlu contigs'in dizi açıklamasında dağıtılmış bir ek açıklama çalışma grubuna (DAWG) yardımcı olur. DawgPaws, açıklama programlarını çalıştırma sürecini otomatikleştirerek ve kombine kanıtlar açıklama kürlemesinin kolaylaştırılmasıyla bitki genomlarının açıklanmasını hızlandıran Perl'de yazılmış bir komut satırı programı grubudur. Baclar, buğday sekanlerini (pençeleri) değiştirmek için bir boru hattı olarak kabul edilir. Bu programlar başlangıçta buğday için tasarlanmış olsa da, komut dosyalarının neredeyse herhangi bir ökaryotik sekans içi boru hattına da kolayca uygulanabilir. Bu süitteki komut dosyaları, bir Mevcut sekans anotasyon programlarının sayısı. Bu sonuçlar, bireysel ek açıklama programlarının yerel çıkışından standart GFF dosya biçimine dönüştürülür. Bir GFF dosyası basit bir sekme olduğundan, tek bir metin dosyası, tek bir sekans için çoklu hesaplamalı sonuçlar, kedi gibi standart metin maninülasyon araçları kullanılarak bir araya getirilebilir; Kedilerin ve Dawg'lerin birlikte iyi oynayabileceğini kanıtlayın. DawgPAWS, hesaplamalı sonuçların görselleştirme ve iyileştirilmesi için Apollo Genom Ek Açıklama Küratörlüğü aracını kullanmayı kolaylaştırmak için ek araçlar sağlar. İşte "Dawgpaws" nin bazı önemli özellikleri: · Açıklama boru hattı için dizileri hazırlamak için fasta dosyası manipülasyonu · Sıra montajlarındaki boşlukların açıklanması · AB Initio Gene Anotation ve Transposable Eleman Ek Açıklama Programlarının Yüksek Verimli Boru Hattı'nda yürütülmesi · Bir küme bilgi işlem çerçevesinde kullanıma uygun patlama boru hattı · Ek açıklama yazılımından çıkışın ortak GFF dosya biçimine dönüştürülmesi · GFF dosyalarının oyun.xml biçimine dönüştürülmesi · Komut satırı bayraklarını kullanarak tüm komut satırı programlarında yardım mevcuttur. Yardım Bilgisi ve tam manuel dosyalar bazı programlar için hala geliştirilmektedir. · Bireysel programlar için manuel sayfalar DAWGPAWS Web sitesinde bulunur ve Dawgpaws Suite'in serbest bırakılması.

Dawgpaws İlgili Yazılım