Lammps Taşınabilir Büyük Ölçekli Atom / Moleküler Masifik Paralel Simülatör
Şimdi İndirin

Lammps Sıralama ve Özet

Lammps Etiketler

benzetmek model modeller atom modelleri parçacık simülatörü moleküler simülatör

Lammps Açıklama

Taşınabilir Büyük Ölçekli Atomik / Moleküler Masifik Paralel Simülatör LAMMPS, klasik bir moleküler dinamik (MD) kodudur. İsminin ima ettiği gibi, paralel makinelerde iyi koşmak için tasarlanmıştır, ancak aynı zamanda tek işlemci masaüstü makinelerinde de iyi çalışır. Gammps çok taşınabilir. C ++ derleyici ile herhangi bir platformda inşa etmelidir. GNU G ++ derleyicisi veya ticari derleyiciler iyi çalışıyor. Lammps, Mac OS X, UNIX veya Linux varyantları çalıştıran birkaç paralel ve masaüstü makinesi için inşa edilmiştir. Slammps, yumuşak malzemeler (biyomoleküller, polimerler) ve katı hal maddeleri (metaller, yarı iletkenler) ve kaba tahıl sistemleri için potansiyellere sahiptir. ATOM'ları veya daha jeneral olarak, mezonluk veya süreklilik seviyesindeki paralel bir partikül simülatörü olarak modellemek için kullanılabilir. Gammps, tek işlemci makinelerinde veya mesaj geçiş teknikleri ve simülasyon alanının bir uzamsal parçasını kullanarak paralel olarak çalışır. Kod, yeni işlevsellik ile değiştirilmesi veya uzatılması kolay olacak şekilde tasarlanmıştır. İşte "Lammps" nin bazı önemli özellikleri: · Tek bir işlemcide veya paralel olarak çalışır · Dağıtılmış hafıza mesajı geçen paralellik (MPI) · Paralellik için simülasyon alanının mekansal-ayrışması · Açık kaynak dağıtım · Son derece taşınabilir C ++ · İsteğe bağlı kütüphaneler gerekli: MPI ve tek işlemci FFT · Paralel olarak, aynı anda bir veya çoklu simülasyonu çalıştırın · Yeni özellikler ve işlevsellik ile genişletmek kolay · Atomlar, polimerler, moleküller, metaller, granül parçacıklar, kaba taneli parçacıklar, ellipsoidler, nokta-dipoller veya bunların hibrit kombinasyonları · İkili Potansiyeller: Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Yukawa, Yumuşak, Sınıf 2 (Pusula), Tablo · Şarj edilmiş çift potansiyeller: Coulombic, Point-dipol · Birçok potansiyel: EAM, Finnis / Sinclair Eam, Modifiye Eam (Meam), Stillinger-Weber, Tersoff, Ai-Robo · Kaba taneli potansiyeller: Granül, DPD, Gayberne, Kolloidal · Bağlantı potansiyelleri: harmonik, fene, mors, doğrusal olmayan, sınıf 2, kuarti (kırılabilir) · Açı Potansiyelleri: Harmonik, Charmm, Kosinüs, Kosinüs / Kare, Sınıf 2 (Pusula) · Dihedral Potansiyeller: Harmonik, Charmm, Çok Harmonik, Helix, Sınıf 2 (Pusula), OPLS · Uygun olmayan potansiyeller: Harmonik, CVFF, Sınıf 2 (Pusula) · Hibrit Potansiyeller: Birden fazla çift, bağ, açı, dihedral, yanlış potansiyeller bir simülasyonda kullanılabilir · Yerleşmiş potansiyeller: Çoklu çift potansiyellerin üst üste gelmesi · Polimer Potansiyelleri: All-Atom, Birleşik Atom, Boncuk-Bahar, Kırılabilir · Su Potansiyelleri: Tip3P, Tip4P, SPC · Örtük çözücü potansiyelleri: Hidrodinamik yağlama, Deblye · Uzun menzilli coulombics ve dispersiyon: Ewald, PPPM (Parçacık Mesh Ewald'a benzer), Uzun menzilli Lennard-Jones için EWALD / N · Charmm, Amber, OPLS Güç Alanı Uyumluluğu · 2D veya 3D sistemler · Ortogonal veya ortogonal olmayan (triklinik simetri) simülasyon alanları · Sabit NVE, NVT, NPT, NPH Integrators · Atomların grupları ve geometrik bölgeleri için termostat seçenekleri · 1 ila 3 boyutlarda burun / hoover barostatlama ile basınç kontrolü · Simülasyon kutusu deformasyonu (gerilme ve kesme) · Harmonik (şemsiye) kısıtlama kuvvetleri · Bağımsız veya birleştirilmiş sert vücut entegrasyonu · Tahvil ve açı kısıtlamaları sallamak · Çeşitli türlerin duvarları · Hedeflenen Moleküler Dinamikler (TMD) Kısıtlamaları · Dengeli olmayan moleküler dinamikler (NEMD) · Ek sınır koşulları ve kısıtlamaların çeşitliliği · Velocity-Verlet Entegratörü · Brownian dinamikleri · Konjugat gradyan gevşemesi ile enerji minimasyonu · RRESPA Hiyerarşik Timestepping · Paralel temperleme (çoğaltma değişimi) · Aynı anda birden fazla bağımsız simülasyonları çalıştırın · Termodynanmic Info'nun günlük dosyası · Metin atom koordinasyonlarının, hızlarının, diğer atomların diğerlerinin domuzu dökümü · İkili Yeniden Başlatma Dosyaları · Atom miktarları (enerji, stres, centro simetri parametresi, vb) · Kullanıcı tanımlı sistem genelinde (günlük dosyası) veya atom başına (damperli dosya) hesaplamaları · Atom miktarının mekansal ve zamanının ortalaması · Sistem çapında miktarların zaman ortalaması · Yerli, XYZ, XTC, DCD formatlarında atom anlık görüntüleri Bu sürümde yenilikler: · Yeni LAMMPS'nin serbest bırakılması (C ++ versiyonu). Tüm paketler dahil olan tüm paketlerle SRC dir cinsinden 138,720 kod satırı (ancak kütüphane kaynağı yok). · Önemli: Aşağıdaki komutların sözdizimi değişti: Pair_Style Gran / Hooke, Pair_Style Gran / Hooke / Tarih, Pair_Style Gran / Hertz / Tarih ve Special_Bonds. Boşaltma özel komutundaki "Etiket" anahtar kelimesi "ID" olarak değiştirildi. Düzeltme Ave / Spatial komutundaki katman kalınlıklarını belirlemek için varsayılan, kutu ünitelerinden kafes birimlerine değiştirildi.

Lammps İlgili Yazılım