Magpie DNA özelliklerini ve protein dizilerini inceleyen Java tabanlı kapsamlı bir proje
Şimdi İndirin

Magpie Sıralama ve Özet

Magpie Etiketler

protein Araştırma DNA protein dizisi Çalışma DNA DNA sunumu

Magpie Açıklama

DNA özelliklerini ve protein dizilerini inceleyen JAVA tabanlı kapsamlı bir proje MAGPIE veya çok amaçlı otomatik genom projesi soruşturma ortamı, DNA ve protein sekanslarının otomatik sunumu için bir yazılım demetidir. Bu bilgi Contig Grafikler'de ve Yeşil sayfadaki ORF bilgi satırında bulunur. İlk üç özellik FACE, sekansın hesaplanabilir özelliklerini yansıtırken, PDM'nin (veritabanı aramaları aracılığıyla), sekansın işlevi hakkında ne kadar dış kanıt (veritabanı aracılığıyla) açıklar. Kutudaki daha fazla mavi (seviye 1), ORF'nin gerçekten bir kodlama dizisi olması muhtemeldir. · F: (Evet / Hayır) Potansiyel kodlama dizisi bu organizmanın kodon kullanımı profiline uygun mu (% 99 güvenli ki-kare kare iyiliği kullanarak) · A: (evet / hayır), sıranın% + G'dir. >% 50, birçok organizmde kodlama dizisinin karakteristik özelliği · C: (Seviye 1, 2, 3 veya 4) İkinci ve üçüncü kodon pozisyonlarında G + C telafi seviyesi nedir? Çoğu organizma, üçüncü 'Waggle' konumunda G + C içeriğinde bir deseni takip edecektir. · P: (Seviye 1,2 veya 3), sahip olduğumuz en iyi kanıt seviyesini gösterir (örneğin, genpept veya protein düzeyinde mRNA / CDNA vuruşuna karşı). · D: (Seviye 1, 2 veya 3) Karşılaştırmanın DNA dizilerine (örneğin, Genbank'a karşı arama) DNA dizilerine olan eşleşmelerden oluşan en iyi kanıt seviyesini gösterir. · M: (Seviye 1, 2 veya 3), sahip olduğumuz en iyi kanıt seviyesini belirtir. protein ailelerine (örneğin PFAM) veya bilinen bağlayıcı site kalıpları (prosite) gereksinimleri ile eşleşmeler · Java

Magpie İlgili Yazılım