Mmtk Biyomoleküler sistemlere odaklanan moleküler simülasyonlar için bir kütüphane
Şimdi İndirin

Mmtk Sıralama ve Özet

Mmtk Etiketler

benzetmek simülatör modeller molekül simülasyonu molekül modelleri molekül simüle

Mmtk Açıklama

Biyomoleküler sistemlere odaklanan moleküler simülasyonlar için bir kütüphane Moleküler modelleme Toolkit (MMTK), moleküler simülasyon uygulamaları için ücretsiz ve açık kaynaklı bir program kütüphanesidir. Standart algoritmaların kullanıma hazır uygulamaları sağlamanın yanı sıra, MMTK, moleküler simülasyonlarda standart ve standart olmayan problemlerle başa çıkmak için kolayca uzatılabilen ve değiştirilebilecek bir kod esası olarak hizmet vermektedir. MMTK'nın en yaygın üç kullanım kalıpları · Standart simülasyon ve modelleme uygulamaları için MMTK işlevlerini kullanan Python komut dosyalarını yazma. Bu, bir komut dosyası dili (I.E. Charmm veya GROMOS) ile diğer simülasyon paketlerini kullanmaya benzer, ancak başka yerlerden bir sürü faydalı piton modülüne erişmenin ek avantajı ile. Örnek bölümü, bu tür komut dosyalarının nasıl göründüğünü gösteriyor. · MMTK ile (ve belki de diğer paketlerle) yakın bir şekilde etkileşime giren modülleri, standart çözüme sahip olmayan problemleri çözmek için yazma modülleri. Örneğin, belirli bir kuvvet alanı terimi veya belirli bir simülasyon veya analiz algoritması eklemek. Bu alanda MMTK için çok fazla rekabet yok. · MMTK'yı dahili olarak kullanan Python'da uygulama programları yazma, bu tür içseller hakkında hiçbir şey bilmemeniz gerekmeyen kullanıcılar için. Bu programlar, kullanımı kolay grafiksel arayüzler sağlayabilir (bakınız örneğin, domainfinder ve nmoldyn) veya bir web servisine entegre edilebilir (bkz. E.G. Webnm @). MMTK, üst düzey nesneye yönelik genel amaçlı bir programlama dili olan Python'da ve çevresinde geliştirilmiştir. Aslında, MMTK, çoğu Python'un kendisinde yazılan bir Python modülleri koleksiyonundan daha fazla bir şeyden oluşuyor, ancak C. MMTK uygulamalarında yazılan sadece küçük zamanla kritik bir parça (örneğin enerji değerlendirmesi), bunları kullanan Python programlarıdır. modüller. Python seçildi çünkü hızlı kod geliştirme ve test yapmanıza izin verirken, zaman kritik hesaplamalarla uğraşmak için çok uygun bir C arayüzü sağlar.MMTK, nesneye yönelik bir moleküler sistem modeline dayanır. Bir sistem, Hepsi MMTK'nın kimyasal veritabanında tanımlanan atomlar, moleküllerden ve komplekslerden oluşur. Örneğin, atomlar açısından tanımlanmış bir molekül, kuvvet alanı parametresi, bu nesnelerin özel versiyonlarını tanıtmak mümkündür; Örneğin, MMTK, temel olarak kimyasal kompleks olan proteinler için özel bir desteğe sahiptir, ancak Peptid Zincirleri, Kalıntılar, SideChains vb. değiştirin. Örneğin, mevcut herhangi bir koda dokunmadan, yani yeni kuvvet alanları eklenebilir. MMTK kullanıcıları, diğer uygulamalar için, bilimsel veya başka bir şekilde geliştirilen büyük bir Python kodu koleksiyonundan da kar elde edebilirler. İşte "MMTK" ın bazı önemli özellikleri: · Proteinler ve nükleik asitler için özel destek olan moleküler sistemlerin yapımı · Sonsuz sistemler veya periyodik sınır koşulları (orthombik ilköğretim hücreleri) · Koordinatlarda yaygın geometrik işlemler · Sert gövde uyuyor · Harici PDB ve VRML görüntüleyicileri kullanarak görselleştirme; Dinamik yörüngelerinin ve normal modların animasyonu · AMBER 94 KUVVET alanı, elektrostatik etkileşimlerin taşınması için çeşitli seçeneklerle · Proteinlerde hızlı normal mod hesaplamaları için bir deformasyon kuvveti alanı · Enerji minimasyonu (en dik iniş ve konjugat gradyanı) · Moleküler dinamikler (isteğe bağlı termostat, barostat ve mesafe kısıtlamaları ile) · Normal Mod Analizi · Yörünge İşlemleri · Puan Ücreti Uyar · Moleküler yüzey hesaplamaları · Diğer programlara arabirimler Gereksinimler: · Scientifython · Python

Mmtk İlgili Yazılım