Model Modelsiz parametrelere rahatlama oranlarına uyar.
Şimdi İndirin

Model Sıralama ve Özet

Model Etiketler

veri parametre optimize etmek Parametreleri Optimize Et Heteronükleer veriler Verileri Optimize Et

Model Açıklama

Modelsiz parametrelere rahatlama oranlarına uyar. Modelfree, "Lipari-Szabo Modeli Ücretsiz" parametrelerini Heteronuclear gevşeme verilerine optimize etmek için tasarlanmış bir programdır. Program, dönme kafes gevşeme hızı sabitini (R1), döndürme gevşeme hızı sabitini (R2) ve heteronuclear sabit durumunu (1H} -X nükleer sabit durumunu (NOE), 13C ve 15N'nin herhangi bir kombinasyonu için analiz edebilir. beş statik manyetik alanda döner. Algoritma, R1, R2 ve noe için dipolar ve kimyasal kaydırma anizotropi (CSA) gevşeme mekanizmalarını varsayar ve R2'nin kimyasal değişimini hesaba katacak bir katkı terimi içerir. Birden fazla alan için veri mevcutsa, değişim genişleme parametresi statik manyetik alana göre kadratik olarak ölçeklendirilir. Model seçimi, optimizasyon ve hata analizi için kullanılan ana ilkelerin açıklamaları, MONTE CARLO simülasyonları kullanılarak optimizasyon ve hata analizi daha önce yayınlanmıştır (Palmer ve diğerleri, 1991; Mandel ve diğerleri, 1995) .Modelfree, dönme difüzyonu için üç model içermektedir. Brent'in yöntemi, izotropik bir genel difüzyon modeli için tek bir küresel m optimize etmek için kullanılır. Powell'in yöntemi (Brent tarafından uygulandığı gibi) veya simüle edilmiş bir tavlama protokolü (yokuş aşağı simpleks yöntemine göre), eksenel olarak simetrik bir difüzyon modeli için küresel bir dönme difüzyon tensörünü optimize etmek için kullanılır. Yerel bir rotasyonel korelasyon süresi, mi, her bir dönüş için doğrusal olmayan en küçük kareler regresyonu ile optimize edilebilir. Diğer dahili model ücretsiz parametreler (sipariş parametreleri, iç korelasyon süreleri ve kimyasal değişim terimleri), kısıtlanmış doğrusal olmayan en küçük kareler ile optimize edilmiştir. Herhangi bir parametre, optimize edilmiş ND'den ziyade giriş değerine sabitlenebilir, herhangi bir parametreye yerleştirilebilir. MONTE CARLO simülasyonları, modelsiz parametrelerdeki belirsizlikleri tahmin etmek ve F-testine dayanarak istatistiksel model seçimi gerçekleştirmek için kullanılır. Hata analizinde Monte Carlo simülasyonlarının kullanımının iyi bir tanıtım tartışması, Press ve ark. (Press et al., 1986). Bu sürümde yenilikler: · SGI platformu için son destek. Sadece Linux ve Mac OSX şu anda desteklenen platformlardır. · Sabit fesih kriterleri ve F-istatistik hatasının simüle edilmiş dağılımı. · EDİMİZlendirme algoritmasının başarısız bir optimizasyon adımından sonra uygunsuz bir şekilde sona ermesine neden olan Edward D'Auvergne tarafından tanımlanan bir hata düzeltildi. · Sınırlı parametrelerin aktif sete iade edilip edilebileceği için testte bir hata düzeltildi. · Değişti ızgara araması, böylece kesin üst ve alt sınırlar kılavuz arama noktaları değildir. · Maksimum kalıntı sayısı 300'e yükseltildi.

Model İlgili Yazılım