Padel tanımlayıcı moleküler tanımlayıcıları ve parmak izlerini hesaplar
Şimdi İndirin

Padel tanımlayıcı Sıralama ve Özet

Padel tanımlayıcı Etiketler

hesaplamak parmak izi tanımlayıcı Tanımlayıcı hesap makinesi parmak izi hesaplayıcı

Padel tanımlayıcı Açıklama

Moleküler tanımlayıcıları ve parmak izlerini hesaplar Padel-Tanımlayıcı, moleküler tanımlayıcıları ve parmak izlerini hesaplayabilen bir Java yazılımıdır. Padel-Tanımlayıcı şu anda 404 tanımlayıcıyı (2701D, 2D tanımlayıcısı ve 1343B tanımlayıcıları) ve 7 tip parmak izi (Geçerli varsayılan, yalnızca pubchem parmak izi kümesini hesaplar) hesaplar. Tanımlayıcılar ve parmak izleri, elektrotopolojik tanımlayıcılar için kurum içi ilavesiyle kimya geliştirme kiti kullanılarak hesaplanır. Kullanım: · Moleküllerin yapısal dosyalarını içeren dizini seçin. En yaygın dosya formatları (örneğin, MDL MOL, Gülümsemeler, PDB) desteklenir, ancak önerilen dosya formatı MDL MO'dur. · Hesaplanan tanımlayıcıları kaydetmek için bir dosya seçin. Tanımlayıcılar virgül ayrılmış değer (CSV) dosya biçiminde kaydedilecektir. İlk satır başlık satırıdır. Daha sonraki satırlar, satır başına bir molekül için hesaplanan tanımlayıcıları içerecektir. İlk sütun, yapısal dosyadan veya otomatik olarak elde edilen molekülün adıdır (Autogen_ ile birlikte dosya adı ile önceden eklenecektir). Sonraki sütunlar, moleküller için tanımlayıcılardır. · Eğer 1D ve 2D tanımlayıcıları hesaplamak istiyorsanız "1D ve 2D" seçeneğini kontrol edin. · "3D" seçeneğini kontrol edin. · "Parmak İzi" seçeneğini kontrol edin. Parmak izlerini hesaplamak istiyorsanız. · Tanımlayıcıları hesaplamadan önce NA, CL gibi tuzları kaldırmak istiyorsanız, "Tuz Kaldır" seçeneğini kontrol edin. Molekülden tuzları, kendi araçlarınızı kullanarak, bu yazılıma güvenmekten daha iyidir. · Bazı tanımlayıcı hesaplama algoritmaları tarafından istenen açık hidrojenler eklemek istiyorsanız, "hidrojen ekle" seçeneğini işaretleyin, Tanımlayıcıların hesaplanmasından önce. İşi yapmak için bu yazılıma güvenmekten daha iyi bir şekilde hidrojenler eklemek daha iyidir. · Tanımlayıcıları hesaplamadan önce molekülü 3B'ye dönüştürmek istiyorsanız, "3B'ye dönüştür" seçeneğini kontrol edin. Molekülü 3B'ye dönüştürmek için kendi araçlarınızı kullanarak, işi yapmak için bu yazılıma güvenmekten daha iyidir. · Maksimum numarayı sınırlamak istiyorsanız, "Dosya başına maksimum bileşikler" seçeneği için bir değer (0'dan büyük "girin. bir tanımlayıcı dosyasına kaydedilecek bileşiklerin. Bu, bir tanımlayıcı dosyasının boyutunu sınırlamak için kullanışlıdır ve yeni tanımlayıcı değerlerinin büyük bir tanımlayıcı dosyasına yazılması nedeniyle tanımlayıcı hesaplamayı yavaşlatmanıza yardımcı olabilir. · Hesaplanacak tanımlayıcı veya parmak izi türlerini seçmek istiyorsanız , aynı dizinde bulunan Dancriptors.xml dosyasını Padel-dicriptor.jar dosyası olarak düzenleyebilirsiniz. Sadece bir tanımlayıcının 'değerini' özniteliğini, açmak için 'True' ve 'Yanlış' olarak değiştirin. Java Web Başlat'ı kullanarak bu yazılımı çalıştıranlar, Tanımlayıcılar. Gereksinimler: · Java 1.6 veya daha sonra Bu sürümde yenilikler: · Tanımlayıcıları bir dosya uzantısı yoktur.

Padel tanımlayıcı İlgili Yazılım