Sam araçları Nükleotit dizisi hizalamasını depolamak için esnek bir genel biçim
Şimdi İndirin

Sam araçları Sıralama ve Özet

Sam araçları Etiketler

mağaza manipule etmek Nükleotit hizalamasını saklayın hizalama manipüle hizalama manipülatör hizalama

Sam araçları Açıklama

Nükleotit dizisi hizalamasını saklamak için esnek bir genel biçim SAM (Sıra hizalama / harita), nükleotit dizisi hizalamasını depolamak için esnek bir genel biçimdir. SAM ARAÇLARI, SAM formatındaki hizalamaları manipüle etme konusunda verimli yardımcı programlar sağlar. İşte "Sam Araçları" nun bazı önemli özellikleri: · Çeşitli hizalama programları tarafından oluşturulan tüm hizalama bilgilerini saklayacak kadar esnektir; · Hizalama programları tarafından kolayca oluşturulacak veya mevcut hizalama formatlarından dönüştürülecek kadar basittir; · Dosya boyutunda kompakt; · Hizalamadaki işlemlerin çoğunun, tüm hizalamayı belleğe yüklemeden bir akış üzerinde çalışmasına izin verir; · Bir odaya hizalanan tüm okumaları verimli bir şekilde almak için dosyanın genomik konum ile indekslenmesini sağlar. Bu sürümde yenilikler: · SamTools spesifikasyon ile daha tutarlıdır: a) '*' · KALİTE YERİNE YAZDIR; b) Alan ayırıcısı sadece sekmedir ve boşluktur. · Bir alanda bir karakter olarak kabul edilir; c) Boş başlığa izin verilir. · Yığınında GLFV3 desteği uygulandı. · Fixmate'de ciddi bir hata düzeltildi: Strand Bilgileri yanlış · Üzerine yazılmış. · Hizalama alımında bir hata düzeltildi: Hizalamalar N * 16384bp'dir. · Bazen doğru bir şekilde alınmaz. · RMDUP'ta bir hata düzeltildi: Değerlendirilmemiş okumalar mevcutsa Segfault. · Indel_Filter.pl'i samtools.pl dosyasına taşı. · İndels içeren gerçek hizalamaların sayısını kontrol etmek. İndel · Bu filtrasyonun daha kolay hale getirilmesi için yığın çizgisi de biraz değişti. · Endekslemede küçük bir hata düzeltildi: eşlenmemiş bir okumanın çöp kutusu sayısı · Yanlış hesaplanmış. · Bayrak alanında istatistikleri göstermek için `flagstat 'komutu eklendi. · Yerel olarak maksimum pencere boyutunu ayarlayarak indel arayanın geliştirilmesi · Hizalama. Diğer Yardımcı Programlardaki Değişiklikler: · MAQ2SAM'da bir hata düzeltildi: bir etiket adı eski. · WGSIM'de iyileştirme: a) katı okuma simülasyonu için destek eklendi; · B) Okuma adındaki ikame / indels / hataların sayısını göstermek; · C) önemli kod temizleyin. · Çeşitli dönüştürücüler: Genel olarak gelişmiş işlevsellik. · Fixmate'deki önceki hatası nedeniyle örnek Sam'ı güncelledi.

Sam araçları İlgili Yazılım