Sitoscape Moleküler etkileşim ağlarını ve biyolojik yolları görselleştirmek için Açık Kaynak Biyoinformatik Yazılım Platformu
Şimdi İndirin

Sitoscape Sıralama ve Özet

Sitoscape Etiketler

görselleştirmek görselleştirici molekülü görselleştirmek Etkileşim Ağ Görselleştiricisi gen görselleştirme etkileşim ağı

Sitoscape Açıklama

Moleküler etkileşim ağlarını ve biyolojik yolları görselleştirmek için Açık Kaynak Bioinformatik Yazılım Platformu Sitoskape, moleküler etkileşim ağlarını ve biyolojik yolları görselleştirmek ve bu ağları açıklamalar, gen ekspresyon profilleri ve diğer devlet verileri ile entegre etmek için açık kaynaklı bir biyoinformatik yazılım platformudur. Ayrıca sitoskape başlangıçta biyolojik araştırmalar için tasarlanmıştır, şimdi karmaşık ağ analizi için genel bir platformdur. ve görselleştirme. Sitososcape çekirdek dağılımı, veri entegrasyonu ve görselleştirme için temel özellikler sunar. Ek özellikler eklenti olarak mevcuttur. Eklentiler, ağ ve moleküler profilleme analizleri, ek dosya formatı desteği, komut dosyası, yeni düzenler ve veritabanlarıyla bağlantılar için mevcuttur. Pllugins, Java teknolojisine dayalı sitoskape açık API'sini kullanan herkes tarafından geliştirilebilir ve eklenti topluluğu gelişimi teşvik edilir. İşte "sitoskape" nin bazı önemli özellikleri: Birçok standart destekler: · Sitoskape, aşağıdakileri içeren çok sayıda standart ağ ve ek açıklama dosyası formatını destekler: SIF (basit etkileşim formatı), GML, XGMML, BioPax, PSI-MI, SBML, OBO ve Gen Derneği. Sınırlandırılmış metin dosyaları ve MS Excel çalışma kitabı da desteklenir ve diğer uygulamalar veya elektronik tablo programları tarafından oluşturulan ifade profilleri veya ek açıklamaları gibi veri dosyalarını içe aktarabilirsiniz. Bu özelliği kullanarak, düğümler, kenarlar ve ağlarda keyfi nitelikleri yükleyebilir ve kaydedebilirsiniz. Örneğin, proteinleriniz için bir özel ek açıklama terimleri kümesi'ni girin, protein protein etkileşimleriniz için bir dizi güven değerleri oluşturun. Web Servis Müşterileri: · Sitoscape, bir web servis istemcisi olarak çalışır. Bu, sitoskape doğrudan harici kamu veritabanlarına bağlanabilir ve ağ ve ek açıklama verilerini içe aktarabilir. Şu anda, yol commons, sağlam, biomart, NCBI entrez geni ve PICR desteklenir. Popüler veritabanları için yeni servis müşterileri geliştirmeye devam ediyoruz. Birlikte Çalışabilirlik: · Sitososcape, standart dosya formatlarını ithalat / ihracat destekleriyle, sitoskabı kolayca iş akışınıza koyabilirsiniz. Örneğin, iGraph veya bio -onductor tarafından oluşturulan bir ağ verisine sahipseniz, sitoskape dosyayı bir metin tablosu olarak yükleyebilir ve diğer biyoinformatik araçlar veya kendi programlarınız / komut dosyalarınız için PSI-MI formatında dışa aktarabilirsiniz. Oturum Dosyası: · Çalışmanızı tek bir tıklamayla kaydedebilirsiniz. Tüm ayarlar, veri dosyaları ve görselleştirmeler bir oturum dosyasında paketlenir. Sitoscape oturum (.CYS) dosyası olarak adlandırılır. Sitoskape oturum dosyası, ağlar, öznitelikler (düğüm / kenar / ağ), masaüstü durumları (seçilen / gizli düğümler ve kenarlar, pencere boyutları), özellikler, bazı eklenti durumları ve görsel stilleri içerir. Gereksinimler: · Java SE 5 veya sonraki

Sitoscape İlgili Yazılım