Ammp modern bir tam özellikli moleküler mekaniği
Şimdi İndirin

Ammp Sıralama ve Özet

Ammp Etiketler

manipule etmek molekül mekaniği öğrenir mekanik Mekanik Oyunlar Mekanik laboratuvarları Mekanik Simülatörü nükle Newtonian Mekaniği Analizi Newton mekaniğini incelemek Newton Mekaniği Klasik mekaniği inceleyin manipüle molekül Makromolekül manipüle nükleik asit Makine mekaniği Newton mekaniğini analiz et Windows 2007 Facebook sohbet uygulaması Tam Sürüm Videosu Basit Kredi Sözleşmesi Oyun Başvurusu Telefon mesajı şablonu Yamaha davulları duvar kağıdı Yaratıcı Infra52x'i yükleyin Zuma Deluxe Aktivasyonu dostluk kontrolü Ware Network Traffic Hir

Ammp Açıklama

AMMP uygulaması, modern bir tam özellikli moleküler mekanik, dinamik ve modelleme programı olarak geliştirilmiştir. Proteinler, nükleik asitler ve diğer polimerler dahil olmak üzere hem küçük molekülleri hem de makromolekülleri manipüle edebilir. Sayısal olarak istikrarlı moleküler dinamikler gibi, standart özelliklere ek olarak, uzun mesafeli potansiyellerin hesaplanmasında tüm atomlar dahil olmak üzere hızlı multipole yöntemi ve sağlam yapısal optimize eder, esnek bir potansiyel seçimi ve molekülleri manipüle etmek ve bireyi analiz etmek için basit ama güçlü bir yeteneğe sahiptir. enerji terimleri. Diğer birçok program üzerindeki önemli bir avantaj, standart olmayan polimer bağlantılarını, olağandışı ligandları veya standart olmayan artıkları tanıtmanın kolay olmasıdır. Eksik hidrojen atomları eklenmesi ve birçok program için zor olan kısmi yapıların tamamlanması, AMMP'de anlaşılır. AMMP sadece kendi dilini anlar. Mevcut bir koordinat dosyasını AMMP diline derleyerek okuyun. Program Preammp (Prewin) bunu yapar. PreamMP kendi başına çalıştırılabilir veya AMMP95'deki Dosya menüsünden çağrılabilir. PreamMP birkaç giriş gerektirir. Bir Windows Dosya Seçimi menüsünde her birinin istenir. Bunu sevmiyorsanız, pencereyi iptal edin ve Prewin Man penceresindeki dosya adını girin (bu tarif etmekten daha basittir!). Bir dosyamız yokken, örneğin, sıfırdan koordinatlar üretirken, her ikisini de iptal etmeniz gerekir. PreamMP, bir seferde sadece bir kalıntı çalışır. Bir polimerde interkonomer bağlantısını sağlamanız gerekecektir. Peplink.amp (proteinler için) ve ndick.amp gibi komut dosyaları (standart DNA / RNA bağlantı için) verilir. Bunlar, dimer için şablon oluşturularak ve uygun terimleri çıkararak üretildi. Otomatik bir komut dosyasında atomların ve potansiyellerin nasıl kullanılacağını görmek için iyi bir yerlerdir. Yeni bir molekül oluşturmak için önce bir şablon tanımlamanız gerekir. Sonra preammp çalıştırın. Preammp bir koordinat seti için sorduğunda herhangi bir dosya adını girin. Mevcut molekül durumundan farklı olarak, PreamMP, koordinatlardan otomatik olarak molekül türünü aramayacaktır. Böylece bir molekül adı girmeniz istenir. Bu, PDB formatına sığacak üç karakterle sınırlıdır. (Bunun için üzgünüm, ama bu böyledir).

Ammp İlgili Yazılım