Asatura nükleotit sekanslarında doygunluğu gösterir
Şimdi İndirin

Asatura Sıralama ve Özet

Asatura Etiketler

sıra Doygunluk Etkisi Vana doygunluğu Doyma Doygunluk Şekillendirici Doyma algoritması Bant Doygunluğu Doygunluk Simülasyonu siyah doygunluğu doygunluk ayarlayıcı doygunluğu ayarlamak doygunluğu değiştir doygunluğu düzelt Koşullu Doygunluk Değişimi Photoshop Doygunluğu 3D gezegen jeneratörü nükleotit oranı mutasyon Doygunluk izi nükleotit dizisi Nükleotit Sırası Yöneticisi nükleotit trafo doygunluğu Doygunluk Simülatörü Analog Doygunluk Doygunluğu değiştir Doygunluk değiştirici Doğru doygunluk Nükleotid Değiştirme Modeli nükleotit motifi göstermek nükleotid ikamesi Nükleotid Açıklama Nükleotit hizalamaları Nükleotit polimorfizmaları nükleotit mutasyonu nükleotid fraksiyonu Pasifik Adaları Screensaver ücretsiz java antivirüs codec dosya flv FLA'ya SWF nasıl okunur BitTorrent Lite Doodle Jump 1.8.2 Yahoo Video Roxxana Versa kontrol sürücüsü BlackBerry 1800 Yazılım Karaoke Song CDG

Asatura Açıklama

Nükleotit sekanslarında doygunluğu göstermenin olağan yolu, evrimsel mesafeye ayıran diziler arasındaki farkların fraksiyonunu, bunları ayıran evrimsel mesafeye karşı araştırmaktır. Gözlemlenen farklılıkların sayısı, örneğin, üçüncü kodon pozisyonlarının fraksiyonu için, artan evrimsel mesafeyle artık artar olmadığında, dizinin doygun olduğu söylenir. Aynı teknik amino asit (AA) dizilerine uygulanabilir. AA ikamelerinin yüksek ve düşük olasılık olasılığının düşük olasılıklarını ayırt eden ASatura adlı bir Java başvurusu geliştirdik. Tüm AA değiştirmeleri, iyi bilinen PAM ve blozum gibi ikame olasılık matrislerinden çıkarılan mutasyon olasılıklarından çıkarımlarına bağlı olarak 'sık' veya 'nadir' olarak tanımlanır. Bu 20 matris ile, bir AA'nın, dizi belirli bir evrimsel mesafe üzerinde farkladığında bir başkası tarafından değiştirilen ampirik olarak türetilmiş olasılıkları sağlar. ASATURA uygulaması, tüm ikameleri bu olasılıklara göre sıralayacak ve sık sık ve nadir ikameler arasında farklılaştıran bir olasılık 'kesme' değeri seçilebilir. Her sekans çifti için program, gözlenen sık görülen ve nadir AA değiştirmelerinin sayısını evrimsel mesafelerine karşı artar. İkame olasılığını 'kesme' değerini değiştirerek, sık veya nadir olarak sınıflandırılan AA ikamesi sayısı değiştirilebilir. İdeal olarak, 'kesme' değerinin dikkatli bir şekilde seçilmesi, orijinal verileri doymuş ve doyurucu bir hale getirir. PAM, blozum, MTREV24 ve JTT gibi en yaygın kullanılan ikame olasılık matrislerinin yanı sıra, kullanıcı tanımlı matrisler de kullanılabilir.

Asatura İlgili Yazılım