BN-BS Eş anlamlı ve nonnonymous ikameleri açısından şube uzunluklarını tahmin et
Şimdi İndirin

BN-BS Sıralama ve Özet

BN-BS Etiketler

Tahmin etmek tahmin Şube Konsolidasyonu dal şube stratejisi ActiveX Şubesi şube karşılaştırması nonnonymous oranı eşanlamlı mesafe isimsiz mesafe radikal saçmalık mesafe Eşanlamlı ikame Saçmalık değiştirme Şube Uzunluğu Tahmini Şube uzunluğu Kod Şubesi Adı Kod şubesi kütüphane şubesi şube erişim eşanlamlı

BN-BS Açıklama

BN-BS uygulaması, ağaç topolojisi verilirken, şube uzunluklarını eşanlamlı ve nonnonymous ikameleri açısından tahmin etmek için geliştirilmiştir. Program, mevcut sekanslar arasındaki eşzamanlı ve nonnonymous mesafeleri tahmin etmek için değiştirilmiş Nei-gojobori yöntemini kullanır ve daha sonra olağan en küçük kareler yöntemini kullanarak dal uzunluklarını ve varyalarını tahmin eder. Programı kullanmak için, protein kodlama DNA dizilerini içeren bir giriş dosyasına ihtiyacınız vardır (bir örnek için infile). Bu dosya iki sayı ile başlar: dizinin sayısı ve dizi başına nükleotid sayısı (sıra uzunluğu). İkinci satır, ilk dizinin adı olacak ve üçüncü satır ilk sıra, vb. Dizilerde sadece A, G, C, T, A, G, C ve T'ye izin verilir. Boşluklar kaldırılmalı ve diziler önceden hizalanmalıdır. Dosyanın son satırı, dizilerin ağaç topolojisidir. Ağaç formatı, Phylip Paketinde kullanılan ile aynıdır (Felsenstein 1995). Ağacın sınırlandırıldığını unutmayın, bu nedenle en derin dallanma düğümü için BITICION'tan ziyade haritacılık gereklidir.

BN-BS İlgili Yazılım