Bambe

Moleküler Biyoloji ve Evrimde Bayesian Analizi
Şimdi İndirin

Bambe Sıralama ve Özet

Reklamcılık

  • Rating:
  • Lisans:
  • Open source
  • Yayıncı adı:
  • Donald Simon & Bret Larget, Department of Mathematics and Computer Science, Duquesne University.
  • İşletim sistemleri:
  • Windows
  • Dosya boyutu:
  • Free
  • Yayın tarihi:
  • 2021-05-15 20:54:20

Bambe Etiketler


Bambe Açıklama

BAMBE adı, Moleküler Biyoloji ve Evrim'deki Bayesian analizini duruyor. BAMBE, bayesiyen filojenlerin analizi için ücretsiz bir yazılım paketi olarak geliştirilmiştir. Paket, hizalı DNA veya RNA dizi verilerini analiz etmek için programlar içerir ve veri kümelerinin boşlukları veya belirsiz bölgelerle izin verir. Ana program, filogenetik ağaçların ve olasılık model parametrelerinin eklem posterior dağılımından örneklemek için çeşitli Metropolis Hastings algoritmaları kullanır. Dağıtımdaki diğer programlar, örneklenen ağaçların ve parametre değerlerinin analizinde yardımcı olur. Not: Bu yazılım paketi kopyalamak ve kullanmak ve kişisel akademik kullanım için beraberindeki belgeleri kopyalamak ve kullanmak için herkesin izni verilir. Ana Özellikler: Bir olasılık model seçimi. HKY85 (Hasegawa-Kishino-Yano, 1985) F84 (Felsenstein'ın Phylip'de uygulandığı gibi) TN93 (Tamura-Nei, 1993) Yeni filogenetik ağaçlar önermek için Metropolis-Hastings örnekleyicileri seçimi (yerel yeni bir ölçekli beta dağıtım versiyonu dahil). Metropolis-Hastings Örnekleyicileri Yeni model parametreleri önermek için. yakma ve çıkarım için ayrı örnekleyici seçimi. her site kategorisi için ayrı parametre değerleri ile site kategorilerinin esnek özellikleri. Aramayı rastgele bir ağaçta, upgma ağacı, komşu ağacında veya kullanıcı tanımlı bir ağaçta başlatmak için bir seçim. Ağaçları okumak ve yazmak için iki format (Bambe ve Newick). HTML yardım dosyaları. Ağacın ve model parametrelerinin grafiksel gerçek zamanlı izlenmesi.


Bambe İlgili Yazılım

dft2html

Bu yardımcı programla DFT dosyalarını HTML'ye dönüştürün. ...

200 29 KB

İndirmek

Sadaka

Python'da yazılmış hafif adım tabanlı simülasyon modülü ...

234 30 KB

İndirmek