 | BiokangaYüksek Performanslı Biyoinformatik Uygulamaların Suite |
| Şimdi İndirin | |
Biokanga Sıralama ve Özet
Reklamcılık
Biokanga Etiketler
Biokanga Açıklama
Biokanga, yeni nesil sıralama analitiklerinin zorluklarını hedefleyen yüksek performanslı biyoinformatik uygulamalardan oluşan bir koleksiyondur. KAGA, 'K-Mer Uyarlamalı Gelecek Nesil Aligner' için bir kısaltma olan ve birincil uygulama. BIOKANGA, bir sonraki nesil sıralayıcı kısa okuma veri kümelerinin ColorSpace (ABI Katı) veya Basespace (Illumina) 'nın sağlam bir şekilde uyumunu sağlamak için bir hedef genom içindeki ampirik olarak türetilmiş bir sekans eşyası anlayışı içeren oldukça verimli bir kısa okuma hizalayıcıdır. Yaygın olarak kullanılan diğer hizalarla karşılaştırıldığında Biokanga, hizalanmış sekansın hem oranı hem de kalite konusunda önemli kazanımlar sunar. Diğer hizaların çoğundan farklı olarak, Biokanga, sıralayıcı kaynaklı kalite puanlarına güvenmek yerine, belirleyici bir kabul kriterleri olarak okunan herhangi bir okuma için varsayılan hizalamalar arasındaki hamming mesafelerini kullanır. Kangadna, NGS kısa okuma veri kümelerinin de Novo Meclisi'ne yönelik ek bir iki parçalı araç setinin birincil bileşenidir. İkincil bileşen, Kangahrdx (K-MAR, bir sonraki GEN ALIGNER homozitif azaltma), öncelikle RNA-SEQ transkriptomiğine doğru hedeflenmiştir, burada transkript izoformlarının birçok monte edilmiş Contigigs'ün yüksek kimliğin en muhtemel bileşen eksonlarının birçok montajını oluşturur. Araç Takımı Bileşenleri: kangax Ng kısa okuma veri kümelerinin daha sonra hizalanması gereken referans genom tertibatını içeren son derece optimize edilmiş bir sonek dizisi arama veritabanı oluşturmak için kullanılır. Kangar Bu, NG kısa okuma veri kümelerini, Kalan ALIGNER tarafından hızlı ve verimli yükleme için optimize edilmiş bir biçime geçmek için kullanılabilecek isteğe bağlı bileşendir. KAGA Kanga, algılayıcı bileşendir. Binbaşı girişleri, Kalangax tarafından oluşturulan referans genom tertibatı veritabanıdır ve bir Kangar Önceden Pressed VeriSet veya RAW FASTA / FASTQ Readset dosyalarıdır. KAGA'dan gelen birincil çıktı, seçilen bir dizi kullanıcı seçili çıktı formatından birindeki hizalardır. Kangadna Kangadna, bu kalite, azaltılmış açıklık ve / veya NXX geleneksel önlemlerin maliyetinde kazanılmış olsa bile, daha yüksek güven kalitesi iletimi sağlama hedefi olan çok fazlı bir açgözlü de Novo assembler'tir. Kangadna, doğal olarak baz veya colorsepace (katı) okur. Kangahrdx Kangahrdx, Contig dizilerini işleyecek ve bağlantılar arası homozigotik olan bölgeleri tanımlayacaktır. Tanımlanan bölgeler, daha hetrozyjotik olan artaglere neden olan en uzun contig hariç tümden çıkarılacaktır. Bu, De Novo RNA-SEQ transkriptom analizinde veya poliploidik genomların de novo montajında yardımcı olabilir. Genellikle Kangahrdx, Kangadna veya başka bir assembler tarafından oluşturulan contigs üzerinde yürütülecektir, yalnızca önemli kısıtlama, girdinin renk eşyası olmaması gerektiğidir.
Biokanga İlgili Yazılım
