 | CironspectCONTIG spektrumları oluşturma aracı |
| Şimdi İndirin | |
Cironspect Sıralama ve Özet
Reklamcılık
Cironspect Etiketler
Cironspect Açıklama
Ayrıca, rastgele metagenomların meclisine dayanan Contig spektrumları üzerine yapılan kontrolde de bilinen, CONTIG spektrumları için de bilinen bir dönümlük oluşturuldu. ContiG spektrumları daha sonra çeşitlilik tahminlerini elde etmek için aşağı akış yapılabilir (örneğin Phaccs ile). Farklı türden ContiG spektrumları oluşturulabilir: Alfa çeşitliliği için standart Contig spektrumu, karma Contig spektrumu, gama çeşitliliği için ve beta çeşitliliği için Cross-Contig spektrumu. Cross-Contig spektrumunu oluşturmak, seçilen birkaç metagenom (fastra dosyaları) temel alan normal Contig spektrumları inşa etmeyi gerektiren karışık bir Contig spektrumu oluşturmayı gerektirir. CIRCONSPECT, geçici verileri saklamak için dizinlenmiş bir dizi veritabanı kullanır. Asgari örtüşme uzunluğunu ve benzerliğini destekleyen herhangi bir montaj programı uyarlanır; Şu anda, Minimo, Tigh Assembler, Ligh Assembler, Cap3 ve Newbler desteklenir. Birden fazla tekrarlama yapıldığında (önyükleme), ortalama contig spektrumu hesaplanmış. Kullanıcı, dizilerin boyutunu, belirli bir uzunlukta düzelterek ve bir eşikten daha küçük dizileri sökerek kontrol edebilir.
Cironspect İlgili Yazılım
