Copasi Biyokimyasal ağlar analizi ve simülasyon kolaylaştırılmıştır.
Şimdi İndirin

Copasi Sıralama ve Özet

Copasi Etiketler

analiz Analiz etmek Sinyal Ağları Analizi Biyokimyasal sistem yolu biyokimyasal Biyokimyasal Kinetik Biyokimyasal Simülatör İletişim Ağları Analizi biyokimyasal denklem Biyokimyasal ağları simüle et Biyokimyasal Ağlar Analizi Biyokimyasal Ağlar

Copasi Açıklama

Copasi, biyokimyasal ağları ve dinamiklerini analiz etmenize yardımcı olacak güvenilir bir araçtır. Ağları yapılandırmanıza, görevler eklemenizi ve rapor oluşturmanıza olanak tanıyan kullanımı kolay bir GUI özelliğine sahiptir. Bu araç, SBML standardındaki modelleri destekleyen ve ODES veya Gillespie'nin stokastik simülasyon algoritması kullanarak davranışlarını simüle edebilen tek başına bir program olarak geliyor; Keyfi ayrık olaylar bu simülasyonlara dahil edilebilir. Copasi, ağın ve dinamiklerinin birkaç analizini yürütür ve parametre tahmini ve optimizasyonu için kapsamlı bir desteğe sahiptir. Copasi, özelleştirilebilir parsellerde, histogram ve ağ diyagramlarının animasyonlarında verileri görselleştirmek için araçlar sağlar Ana Özellikler: Model: Kimyasal reaksiyon ağı. keyfi kinetik fonksiyonlar. bölmeler, türler ve küresel miktarlar için ODES. bölmeler, türler ve küresel miktarlar için atamalar. bölmeler, türler ve küresel miktarlar için ilk atamalar. SBML İthalatı (L1V1 + 2, L2V1-4) ve İhracat (L1V2, L2V1-4). Analiz: Stokastik ve deterministik zaman kurs simülasyonu sabit durum analizi (stabilite dahil). Metabolik Kontrol Analizi / Hassasiyet Analizi. İlköğretim modu analizi. kitle koruma analizi. Zaman Ölçeği Ayırma Analizi Lyapunov'un üssünün hesaplanması. parametre taramaları. keyfi nesnel fonksiyonların optimizasyonu. Zaman kursundan ve / veya sabit durum deneylerinden veri kullanarak parametre tahmini. Grafiksel Kullanıcı Arabirimi (Copasiui) etkileşimli parametre için sürgü sürgüleri değişir. Renk kodlu tablolar 3D çubuk grafikler grafikler ve histogramlar. Ağ diyagramının sonuçların görselleştirilmesi. Toplu işleme için komut satırı (Copasise). MS Windows, Linux, Mac OS X ve Solaris Sparc için versiyonlar. Eski GEPASI dosyalarının yüklenmesi. Berkeley Madonna'ya, XPPAUT ve C ODE sisteminin C kaynak kodunu modelden üretti. Matematiksel formüllerin ve Mathml'deki veya Lateks'deki ODES'in tasarrufu

Copasi İlgili Yazılım