Emekli kütle kromatogram ölçüm yazılımı
Şimdi İndirin

Emekli Sıralama ve Özet

Emekli Etiketler

kromatogram niceleme

Emekli Açıklama

Masschroq, sıvı kromatografi-kütle spektrometresi (LC-MS) tekniklerinden elde edilen verilerde nicelemeleri yapan uzmanlaşmış ve çok yönlü bir araçtır. Masschroq ayrıca hizalamalar, XIC ekstraksiyonları ve tepe algılamalarını yapmak için de kullanılabilir. Ayrıca, Masschroq için kullanılabilir: · Hem yüksek hem de düşük çözünürlüklü spektrometre sistemlerinden elde edilen verileri analiz edin; · Etiketsiz ve izotopik etiketli verileri (örneğin, SILAC, ICAT, N-15, C-13, vb) analiz edin; · Zaman verimli bir şekilde, bir atışta çok miktarda farklı analiz edilen örnekleri (benzer numuneleri gruplandırarak ve her grubun analizini parametre etme imkanı sunarak). · LC-MS analizinden önce (SCX, SDS-PAGE, vb) karmaşık veri işlemlerini peptid veya protein fraksiyonu olarak dikkate alın; Ana Özellikler: MZXML ve MZML LC / MS veri formatlarının ayrıştırılması. Numunelerin tanımlanan tüm peptitlerinin ve / veya belirli bir kütle listesinin (m / z) değerlerinin (m / z, tutma süresi) değer çiftlerinin belirli bir listesini ölçme. Tanımlanan peptidler, X! Tandem boru hattımızı (sonuçları Masschroqml formatında tanımlanmayı ve aktarır) veya diğer tanımlama yazılımlarından elde edilen tanımlama sonuçlarını içeren TSV (Sekme Ayrılmış Değerler) içeren dosyaları kullanarak Masschroq'un analizine otomatik olarak entegre edilebilir. . İki hizalama yöntemi mevcuttur: MS Seviyesi 1 verilerine dayanan üçüncü taraf OBI-Warp hizalaması Masschroq'a entegre edilmiştir ve kurum içi MS22 bilgisine dayanarak MS2 hizalaması geliştirilmiştir. Masschroq'teki niceleme, XICS (çıkarılan iyon kromatogramları) üzerine yapılır: XIC ekstraksiyonu ve filtrelemeden sonra, morfolojik dönüşümler kullanılarak tepeler üzerinde tespit edilir (ayrıntılar için kullanım kılavuzuna bakın). Tepe alanlar (yani niceleme değeri) ve sınırlar daha sonra hesaplanır. Tepe eşleştirme (varsa hizalamadan sonra) aşağıdaki gibi yapılır: tespit edilen bir tepe, ancak yalnızca (hizalanmış) bu peptidin (hizalanmış) tutma süresi en yüksek sınırlar içinde bulunursa, tespit edilen bir pik. Masschroq'teki tepe eşleştirme iki turda yapılabilir: bir ilki niceleme sırasında ve bir kez niceleme bittiğinde, kullanıcı, daha önce eşleşen zirvelerin tutulma sürelerini dikkate alarak ikinci, gelişmiş bir tepe eşleştirme turu gerçekleştirebilir. Çeşitli XIC filtreleri mevcuttur: Medyan / ortalama filtreleri, sinyalleri, arka planını ve bazal gürültü çıkarma filtrelerini, arka plan ve bazal gürültü giderme filtrelerini, bazı yüksek çözünürlüklü spektrometrelerin, morfolojik filtrelerin, vb. Kullanıcı, TSV, Gnumeric, XHTML ve Masschroqml formatlarındaki sonuçları dışa aktarabilir. İstatistiksel yazılımda (R benzeri) veya manuel / görsel keşiflerde otomatik kullanım için hazırlar. Masschroq'un hem düşük hem de yüksek çözünürlüklü kütle spektrometrelerinden elde edilen karmaşık etiketsiz verilerde değerlendirilmesi, düşük CV'lerin teknik tekrarlanabilirlik (% 1.4) ve protein miktarına (0.98) yüksek korelasyon katsayılarının ölçülmesine izin verdi

Emekli İlgili Yazılım