Feakfinder

Maya Chip Microarry verilerinde zirveleri (Cohabin Cilting siteleri) bulur
Şimdi İndirin

Feakfinder Sıralama ve Özet

Reklamcılık

  • Rating:
  • Lisans:
  • Free
  • Fiyat:
  • Free
  • Yayıncı adı:
  • By Earl F Glynn
  • İşletim sistemleri:
  • Windows 2003, Windows 2000, Windows Vista, Windows 98, Windows Me, Windows, Windows NT, Windows 7, Windows XP
  • Ek gereksinimler:
  • None
  • Dosya boyutu:
  • 11.6MB
  • Toplam İndirme:
  • 189

Feakfinder Etiketler


Feakfinder Açıklama

PeakFinder uygulaması, maya çipinde (kromatin immünoprecipitation) mikroarme verilerinde zirveleri (Kohbetin bağlama bölgelerini) yerleştiren bir araç olarak geliştirilmiştir. Peakfinder, "zirveler" için mikroarray oranı verilerini arayan bir genom görselleştirme aracıdır. Zirveler, etkileşimli olarak seçilebilecek düzgün bir eğri kullanılarak bulunur. Belirtilen bir hareketli pencereyi kullanarak nükleotit içeriği, mikroarray sonuçları ile birlikte görüntülenebilir. Program herhangi bir genom için neredeyse geneldir, ancak yine de birkaç maya parametresi vardır. Giriş dosyaları: - Genomeindex.dat Dosyası: Koordinatlar, genom içindeki her kromozomun konumunu anlatır. Centromere konumu da belirtilmiştir. - "Özellik Koordinatları" Excel Çalışma Sayfası: Sütunlar A, B ve C Ad, Coord1, Coord2 olmalıdır. Koordinatlar, her bir özellik için genom koordinatlarıdır. - "Oranlar" Mikroarray Verileri ile Excel Çalışma Sayfası: Sütun A "Iname" olmalıdır. Oran verilerinin son sütunda olduğu varsayılmaktadır. "Iname" özellikleri, çalışma koordinatları çalışma sayfasında belirtilenleri işlemek zorundadır. - Nükleotit sekansları olan dizin, her kromozom için bir dosya. Sıra verileri, bir defi ile Fastra formatında veya sadece bir ASCII dosyası ile olabilir. Dosyaların isimleri Chr * veya Chrnn * olmalıdır. Örneğin, chr05.fsa veya chrviii_562639.ascii. Saccharomyces genom veritabanından "eski" veya "yeni" dosya formatı kabul edilebilir. - PeakFinder.ini C: \ Doküman ve Ayarlar \ Yerel Ayarlar \ Uygulama Verileri \ StowerinSinStitute \ Speakfinder dizinindedir. Çıktı dosyaları: - Bitmap veya MetaFile seçeneği seçildiyse, grafik otomatik olarak panoya yerleştirilir ve hemen görüntülendikten sonra başka bir uygulamaya yapıştırılabilir. (Otomatik kaydetme çizelgesi kutusunun işaretini kaldırma, grafiğin bu otomatik yerleştirilmesini panoya göre durdurur). Aksi takdirde, grafiği belirli bir GIF dosyasına kaydetmek için Grafik Tab Kişinin üzerindeki Kaydet düğmesine basın. - Zirvelerin üzerindeki Tepe Tüpü düğmesi Excel'de açılabilen bir Peaks.csv dosyasını kaydetmek için seçilebilir. - RAWDATA tabes üzerindeki "Hepsini İşlem" düğmesi, üretilen bir dizi dosyada sonuçlanır. Normalde yeni bir dizin belirleyin ve işleme tamamlandığında bu dosyaları içerecektir: ratioFilename.dat, ratiofilename-chromosomenn.gif (nn = 01 ila 16) ve ratiofilename-peaks.csv, burada ratiofilenamın oranı Excel'in adıdır. Ham veri tablosunda belirtilen dosya.


Feakfinder İlgili Yazılım

Liste

Akış Sitometre Listesi Dosyalarını İşlemek İçin Başka Bir Program ...

174 3.3 MB

İndirmek