Gnlab Büyük ölçekli gen ağ analizi için hesaplamalı boru hattı
Şimdi İndirin

Gnlab Sıralama ve Özet

Gnlab Etiketler

analiz Ssis boru hattı yapı hesaplama performansı Hesaplamalı Verimlilik boru hattı Hesaplamalı Geometri hesaplamalı özel boru hattı Hesaplamalı Modeli büyük ağ Otomatik boru hattı büyük ölçekli dağıtımlar hesaplama finansmanı Hesaplamalı Bileşen Hesaplamalı Biyoloji Hesaplamalı astronomi Daisy Boru Hattı Penelope cruz duvar kağıdı hesaplamalı kimya gen analizi Büyük ölçekli bulut oluşturun mikroarray gen analizi Gen ekspresyon analizi Hesaplamalı Sorun hesaplama gücü Boru Hattı Bileşen Test Cihazı Test Boru Hattı Bileşeni dedot boru hattı Hesaplamalı Sinirbilim boru hattı modası gen-reaksiyon-protein ağı hesaplama yaklaşımı Gen ağı oluştur Gen Ağı Jeneratörü Protein kodlayan gen analizi Analiz Boru Hattı Gen veri analizi Hesaplamalı Yapıt Üretim Gen ağ büyümesini simüle et Gen ağı üretin Gen frekansı veri analizi Büyük Filojenler Analizi Hesaplamalı boru hattı Büyük ölçekli analiz Statik Yapı Sayısal zeka segmentasyon boru hattı değiştirici gen analizi Gen ekspresyon veri analizi Boru Hattı İşleme büyük ölçekli avg ücretsiz güvenlik duvarı avipreview ares .Snd Metin Meyveli Döngüler DJ Blaze HDTV Sürücüsü otomobil parçaları yazılımı Video Mikserini İndirin Alif Baa Kuran Dokunmatik Klavye V1.0 Iball Pen Drive Dosya Gezgini 2690 ssh sunucusu rüzgarı

Gnlab Açıklama

GNLAB adı, Gen Ağ Sanal Laboratuvarı için duruyor. GNLAB, gen düzenleyici ağların (GRNS) büyük ölçekli analizi için yeni bir biyoinformatik aracı olarak geliştirilmiştir. Bu C ++ komut satırı aracı, hem statik yapının hem de bir GRN'nin dinamik davranışının analizini destekler. GNLAB, grns üzerindeki büyük ölçekli tekrarlanabilir hesaplamalı deneylerin tasarımını ve uygulanmasını desteklemek için geliştirilmiştir. GNLAB, ağ üretimi, simülasyon, analiz, görselleştirme, karşılaştırma ve çıkarım için ayrılabilir bileşenlerden oluşur. Kullanıcı tanımlı bir komut dosyasının kullanılmasıyla, bu bileşenler, GRN analizinin bir boru hattını inşa etmek için birlikte borulanabilir. Her bir bileşen komut satırı seçeneği ile çağrılabilir. Ana Özellikler: Ağ Üretimi: GNLAB'de üç ağ büyüme modeli mevcuttur. Erdos-Renyi Model (-R), Ölçeksiz Model (-F) veya Charleston-Ho Model (-G) tarafından rastgele bir ağ oluşturulabilir. Charleston-Ho Model, genom evriminde iyi bilinen süreçlere dayanan yeni önerilen bir ağ büyüme modelidir. Bu modelin, gerçek GRN'lerin (HO ve Charleston'un hazırlanmasında) ayrıntılı topolojik yapısını yakaladığı gösterilmiştir. Ağ Görselleştirme: Gnlab, Graphviz, Geomi ve Sitoscape için giriş dosyalarını üretebilir. Bu işlevsellik komut satırı seçeneği -V tarafından çağrılabilir. Ağ Simülasyonu: Hill'in kinetiğini kullanarak, bir GRN'nin gen ekspresyon paterni, deterministik veya stokestik olarak simüle edilebilir. Zaman serisi gen ekspresyon profili için veri, komut satırı seçeneğini çağırarak oluşturulabilir. Simüle edilmiş veriler bir ".Data" uzantılı bir metin dosyasında saklanır. Üç tip mikroarray veri kümesi GNLAB: Saat serisi, gen pertürbasyonu ve duruma spesifik veri kümeleri ile simüle edilebilir. Komut satırı seçeneği -S, mikroarray verilerinin bir simülasyonunu çağırmak için kullanılır. Ağ Analizi: Bir grn'nin statik yapısı, ağ topolojik özellikleri koleksiyonu ile ölçülebilir. Gnlab'da 11 topolojik özellik kümesi hesaplanır. Ağ karşılaştırması: Aynı sayıda düğümlü iki ağ arasındaki topolojik benzerlik GNLAB'de hesaplanabilir. Bir ağ karşılaştırması, -C komut satırı seçeneğiyle çağrılır. İki ağ arasındaki topolojik farkların tek satırlı bir özeti konsola çıkarılır. Ağ Çıkarlığı: GNLAB, doğrudan ağ çıkarımını yapmaz. Ancak, Aracne ve Banjo'nun giriş biçimine dönüştürülmesi için ürettiği mikroarray veri kümesinin üretilmesini sağlar. Bu işlem komut satırı seçeneği tarafından çağrılır.

Gnlab İlgili Yazılım