 | Hahayaygın olarak kullanılan istatistiksel testi yapan bir bilgisayar programı |
| Şimdi İndirin | |
Haha Sıralama ve Özet
Reklamcılık
Haha Etiketler
Haha Açıklama
HKA, Hudson, RR, M. Kreitman ve M. Aguad (1987 nükleotit verilerine dayanan nötr bir moleküler evrim testi) tarafından geliştirilen doğal seleksiyon için yaygın olarak kullanılan istatistik testi yaptıran bir bilgisayar programı olarak geliştirilmiştir. Genetiği 116: 153-159). Bu program çok sayıda locki ve numune boyutunu kullanabilir ve geleneksel ki kare yaklaşımı ile birlikte birleştirici simülasyon yoluyla testler yapar. Simülasyonlar, Tajima'nın D İstatistiğinin (1989) testleri ve Fu ve Li'nin (1993) D istatistiğini de dahil olmak üzere diğer doğal seçim testlerini yapmak için de kullanılabilir. rasyonel HKA testi, nötr moleküler evrim modelinin en temel tahminine dayanır, bir tür içindeki DNA dizisi polimorfizmi ve türler arasındaki DNA dizisi sapması nötr mutasyon hızı ile orantılı olacaktır (Kimura, 1968, 1969). Bu temel beklentilere göre, polimorfizmin de etkili nüfus büyüklüğüne bağlıdır ve ayrışmanın aynı zamanda spesifikasyondan bu yana zamana bağlıdır. İki türden toplanan verileri göz önünde bulundurduğumuzda ve birden fazla lokasyondan, bir tür içindeki tüm LOCI'nin aynı etkili nüfus büyüklüğünü paylaşmasını bekliyoruz ve her bir yerin, türlerden bağımsız olarak karakteristik bir nötr mutasyon oranına sahip olacağını bekliyoruz. (seçici kısıtlamanın uzunluğuna ve seviyesine bağlı olarak). Böylece, bir acil durum tablosu formunda polimorfizm ve ayrışma dökümüyle ilgili verileri düşünebiliriz (Şekil 1). Ayrıca, her biri verilere uygun olan temel model parametrelerinin bir işlevi olan Beklenen değerlerin benzer bir tablosunu da oluşturabiliriz. Bu parametreler: T - türlerin ayrılığından bu yana zaman F - İki türün etkili nüfus büyüklüğünün oranı. Theta_i = 4n1 U_i - Locus I için nüfus mutasyon oranı 1, N1 - N1 - Türlerin etkin nüfus büyüklüğü 1 ve U_I, Locus I'deki nötr mutasyon oranıdır. Her yer için bir theta parametresi var.
Haha İlgili Yazılım
