Hapmixmap HAPMIXMAP, Genetik Birlik Çalışmalarında Genişletilmiş Haplotipleri Modelleme Programıdır
Şimdi İndirin

Hapmixmap Sıralama ve Özet

Hapmixmap Etiketler

Derneği Yönet gen Dafault Image Derneği Program Derneği Düzenle happotip aday gen Genişletilmiş Haplotipler Tag SNP Genotipi locki Downstream Genetik Programı Haplotipler Analizi keçi haplotipleri Genetik Birlik Analizi Genetik Birliği Analiz Etme

Hapmixmap Açıklama

Hapmixmap, tüm loiinin tümünü test etmek için kolayca test etmek için SNPS etiketinin ve kontrollerde yazıldığı aday bir genin HAPMIXMAP, genetik dernek çalışmalarında genişletilmiş haplotipleri modellemeye yönelik bir programdır. Esas olarak Etiket SNP genotip verileri kullanarak HAPMAP haplotiplerini modellemeyi amaçlamaktadır. HAPMIXMAP, Scheet ve Stephens (2006) tarafından geliştirilen FASTPHASE programına benzer Genetik Birlik Çalışmalarında Genetik Birlik Çalışmalarında Genişletilmiş Haplotipleri modellemeye yönelik bir programdır. Program, ilave olmayan bireyler üzerinde genotip verilerini tanımadılar ve K modal haplotip durumlarına karşılık gelen K bağımsız Poisson varış işlemleri ile bağlantı dengesizliğinin üretildiği bir modele uyar. Bu, tipik olarak 2-4 ortak haplotiplerin, herhangi bir haplotip bloğunda alel çeşitliliğin çoğu için hesabın hesabına ve nadir haplotiplerin bu modal haplotiplerin tipik olarak hafif çeşitleri olduğunu gözlemlemeye karşılık gelir. Astestral rekombinasyon sıcak noktalarına karşılık gelen genomdaki haplotiplerin blok benzeri yapısı, varış oranının genom boyunca değişmesine izin vererek modellenmiştir. Bu model, ADMIXMAP'de popülasyonlar arasındaki karışımlara ve Hapmixmap'teki kodun çoğu, AMXMAP'ten türetilmiştir. Program, gözlenen teçhiz edilmemiş genotip verileri göz önüne alındığında, her bir kromozomda Haplotiplerin arka dağılımını oluşturur. Sonuç değişkeni ile ilişki için skor testleri bu posterior dağılımın ortalaması ile oluşturulur. İkili bir sonuç değişkeni için (bir vaka kontrol çalışmasında olduğu gibi) program bir lojistik regresyon modeline uygundur. Kantitatif bir özellik için, program doğrusal bir regresyon modeline ve sağkalım zamanı verileri için program bir COX regresyon modeline uyuyor. Programın HAPMAP genotip verileriyle kullanılması amaçlanmıştır: Üç kıta grubunun her birinde 60 ilgisiz bireyin paneli için bir veri kümesi mevcuttur. Bu genotip veriler, Hapmap Loci'nin bir alt kümesinde, çalışma altındaki bireyler (genellikle bir vaka kontrol koleksiyonu) üzerindeki genotip verileriyle birleştirilebilir. Genellikle Hapmap Loci'nin bu alt kümesi, Afmetrix veya Illumina dizilerindeki bunlar gibi etiketlenecektir). Program daha sonra nüfusun haplotip yapısını modeller, hem HAPMAP panelinden hem de çalışma altındaki kişilerden veri kullanarak ve çalışma altındaki bireylerde tüm çözülmemiş Hapmap loci'sinde genotiplerin arka dağılımını oluşturur. HapmixMap'ı kullanarak, bir Etiket Paneli'ni kullanarak herhangi bir genetik ilişkilendirme çalışması, Hapmap'teki tüm lokoları yazılmış gibi analiz edilebilir. Dernek için skor testi, çözülmemiş loci'deki genotiplerin çıkarımında belirsizlik için doğru bir şekilde izin verir. Ayrıca, bir yan ürün olarak, çalışma tasarımının her bir yeri test ederken verimliliğinin bir ölçüsü, lokusun doğrudan yazıldığı bir çalışmaya kıyasla). Bu, skor testinde bilgileri tamamlamak için gözlemlenen oranıdır. Bu, bir Etiket SNP panelinin yeterliliğini değerlendirmek ve çözülmemiş lok sayısının ek genotipinin herhangi bir ek bilgi vermesi muhtemel olup olmadığına karar vermek için kullanılabilir. HAPMIXMAP, R'nin bilgisayarınıza yüklenmesini gerektirir. R, ücretsiz bir istatistiksel analiz programıdır

Hapmixmap İlgili Yazılım