Kömür Gen ağaç olasılıklarını hesaplamak için küçük bir araç
Şimdi İndirin

Kömür Sıralama ve Özet

Kömür Etiketler

formül Topoloji gen Kömür Nişancı Hesaplama Tüketim Artışı Kömür nesli tükenme Lie cebir aracı Cebir gen ağacı

Kömür Açıklama

Kömür programı, gen ağacı olasılıklarını hesaplamak için küçük bir araç olarak geliştirilmiştir ve Tür Ağaçlarında Gene Ağaçları Simüle Edilmiştir. Ana Özellikler: , birleştirici birimlerde belirtilen şube uzunluğu olan sabit bir tür ağacı verilen gen ağaç topolojilerinin olasılıklarını hesaplar (bir diploid popülasyon için etkili nüfus büyüklüğünün iki katı olan nesil sayısı). Her iki ağacın da bifurcating olduğu varsayılmaktadır, ancak türler ağaç dalı uzunlukları bunun etrafına ulaşmak için sıfıra ayarlanabilir. Birden çok (veya sıfır) türlerde örneklenen bireylere izin verilir, ancak gösterim özeldir; Bireyler için etiketler, bir tire, ardından bir numara tarafından takip edilen türler adı olmalıdır. Örneğin, A bir tür adıysa, A'dan örneklenen genler A-1, A-2, vb. A-1 olarak adlandırılmalıdır. Üç giriş dosyası var: Newick formatında tür ağaçları olan bir tür ağacı dosyası; Newick formatında gen ağaçları ile bir gen ağacı dosyası; ve türlerin ve gen ağacı dosyalarının adlarını, takson sayısını ve çıktının seçeneklerini içeren komutlara sahip bir giriş dosyası. Çıktı seçenekleri, birleştirici geçmişlerin listelenmesine veya değil. Eğer öyleyse, gen ağacı olasılıkları için sembolik formüller P_ {UV} terimleri açısından verilebilir (bkz. Kağıt). Diğer seçenekler arasında gen ağacı topolojisini, her türdeki gen ağaçları için kümülatif olasılıkları hesaplama ve birleştirici geçmiş sayısını saymayı içerir. Çeşitli seçenekler için yardım dosyasına bakın. Gen ağaçları, tür ağaçları içinde simüle edilebilir. Şu anda bu, tür davası başına bir gen ile sınırlıdır ve tür ağaçlarında sürekli popülasyon boyutları gerektirir. Gen ağaçları üretilir, böylece alt ağaçlar benzersiz bir şekilde döndürülür. Örneğin, eğer ((A, B), C) bir alt üstlemedir, (C, (A, B)) oluşturulmaz.

Kömür İlgili Yazılım