Poscat

Protein Kalıntısı Ek Açıklama Araç Takımı
Şimdi İndirin

Poscat Sıralama ve Özet

Reklamcılık

  • Rating:
  • Lisans:
  • Freeware
  • Yayıncı adı:
  • Huzefa Rangwala
  • İşletim sistemleri:
  • Windows All
  • Dosya boyutu:
  • 363 KB

Poscat Etiketler


Poscat Açıklama

PROSAT Toolkit, kullanıcı tarafından sağlanan özellikler (PSI-Blast profilleri veya PSipred profilleri gibi), protein dizilerinde amino asit kalıntılarını açıklama için SVM tabanlı modellerin oluşturulmasına izin veren bir dizi program olarak geliştirilmiştir. Özellikle, Toolkit, kalıntı etrafındaki bir pencere kullanarak özellikler oluşturur ve standart SVM çekirdeği fonksiyonu ile birlikte özel bir çekirdek fonksiyonu (normalleştirilmiş ikinci dereceden üssel çekirdek fonksiyonu NSOE) ile donatılmıştır. prosat_learn "n", bir-karşılıklı dinlenme sınıflandırma modellerini öğrenme programıdır, burada N'nin olası açıklama sayısıdır. Ayrıca kayan nokta değerini tahmin etmek için bir destek vektör regresyon modeli de öğrenebilir. Kullanımı Prosat_learn prosat_predictic , her kalıntı için ek açıklamayı yerleşik modellerden belirlemek ve bir L XN boyut profili çıkartarak, n bir karşı n'sinin her birinden puanı çıkartarak programdır. Her amino asit kalıntısı için SVM modelleri ve L protein dizisinin uzunluğudur. Regresyon modeli durumunda, n = 1. Kullanımı Prosat_predict Giriş Prosat_predict üç gerekli parametreye sahiptir: - Test Dosyası: Test dosyası, ek açıklama profillerini tahmin etmeniz gereken dizilim özelliklerinin listesini sağlar. Prosat_learn'de kullanılan giriş dosyasına benzerdir, dış açıklama dosyalarının adlarını içermiyor, çünkü aynı tahmin ediyoruz. - Model Dosyası: Model dosyası, Prosat_Learn tarafından çıkan model dosyasıdır. - Tahmin dosyası: Tahmin dosyası, ek açıklama profilleri şeklinde çıktı tahminlerinin yolunu ve ön ekini sağlar. Çıktı Çıktı, "num öğesinin" SVM modellerinin her birinden SVM tahminlerinden başka bir şey olmayan bir dizi öngörülen ek açıklama ve profillerden oluşur.


Poscat İlgili Yazılım

Molpov

Bu araçla Brookhaven protein veri bankası dosyalarını okuyun. ...

228 2.6 MB

İndirmek