Prody Protein Yapısal Dinamik Analizi İçin Açık Kaynak Python Paketi
Şimdi İndirin

Prody Sıralama ve Özet

Prody Etiketler

analiz protein dinamik proteini analiz etmek protein analizi

Prody Açıklama

Protein yapısal dinamiklerini analiz etmek için açık kaynaklı python paketi Prody, protein yapısal dinamiklerini analiz etmek için ücretsiz ve açık kaynaklı bir Python paketidir. Heterojen deneysel yapısal veri kümelerinin kantitatif analizini ve teorik olarak tahmin edilen konformasyonel dinamiklerle karşılaştırılmasını sağlar. Ahmet Bakan tarafından Bahar Laboratuarında Pittsburgh Üniversitesi'nde tasarlanmış ve geliştirilmiştir. Prody için giriş, PDB dosya formatındaki sorgu proteininin atomik koordinatları veya sadece PDB kimliği veya proteinin tek harfli amino asit dizisidir. Hızlı ve esnek prody ayrıştırıcılar, PDB dosyalarının ilgili veri kümesini PDB FTP sunucusundan almak ve koordinat verilerini ve diğer ilgili bilgileri çıkarmak için kullanılır. Prody, baskın kalıpları, deneysel veri kümelerinin asıl bileşen analizi (PCA) ile özü çıkarılan yapısal değişkenlikte ve elastik ağ modellerine (ENMS) dayanarak normal mod analizi (NMA) tarafından öngörülen proteinlerin iç dinamiklerini tanımlayan normal modları çıkarır.

Prody İlgili Yazılım