Protomol moleküler dinamik simülasyonları için bir çerçeve.
Şimdi İndirin

Protomol Sıralama ve Özet

Protomol Etiketler

simülasyon benzetmek simülatör moleküler sönümleme dinamikleri Moleküler görünüm Moleküler Dinamik Paketi Moleküler Etkileşim Ağları moleküler görselleştirme moleküler editör Moleküler madencilik Moleküler Dinamik Simülasyonu Biyo-Informatic Framework DCD yörünge dosyası moleküler dinamikleri simüle et moleküler çap Moleküler simülasyon Moleküler Sistem Moleküler altyapı bulun Moleküler dinamikler Moleküler yörüngeyi canlandırın Moleküler Dinamik Analiz Cihazı moleküler filogeny Moleküler dinamikleri inceleyin moleküler filogenetik simülasyonlar Yazılım simülasyonları

Protomol Açıklama

Protomol, özel olarak moleküler dinamikler (MD) simülasyonları için özel olarak tasarlanmış kullanışlı bir nesne yönelimli, bileşen tabanlı bir çerçevedir. Çerçeve, CharmMM 19 ve 28A2 kuvvet alanını desteklemektedir ve PDB, PSF, XYZ ve DCD yörünge dosyalarını işleyebilir. Yüksek esneklik, kolay uzatılabilirlik ve bakım ve paralelleştirme dahil yüksek performans talepleri için tasarlanmıştır. Çoklu zaman aşımı tekniği, uzun vadeli verimliliği arttırmak için kullanılır. Ewald, Parçacık Mesh Ewald (PME) ve Multigrid (MG) toplamı gibi hızlı elektrostatik kuvvet değerlendirme algoritmalarının kullanımı, performansı daha da arttırır. Molly, Langevin Molly ve Hybrid Monte Carlo, Burun Hoover ve Langevin Entegratörleri kullanılarak daha uzun zaman adımları mümkündür. Ana Özellikler: Moleküler Dinamik Simülasyonları için Nesneye Yönelimli Bir Bileşen Bazlı Çerçeve yüksek esneklik, kolay uzatılabilirlik ve bakım ve yüksek performans talepleri için tasarlanmıştır sıralı ve paralel ortamı birleştiren artan paralelleştirme Genel birden fazla zaman aşamalı entegrasyon şemalarının desteği Genel güçler ve potansiyeller Hızlı elektrostatik kuvvet değerlendirme algoritmaları: Ewald Toplama, O (N3 / 2) Parçacık-Mesh-Ewald, O (n log n) Çok ızgara yöntemi, O (n) Ortak G / Ç formatlarının desteği (işlem öncesi ve sonrası) 106 Parçacık Sistemleri

Protomol İlgili Yazılım