Simcoal Bu araç yardımıyla moleküler genetik çeşitliliği simüle edin.
Şimdi İndirin

Simcoal Sıralama ve Özet

Simcoal Etiketler

Analiz etmek simülasyon benzetmek genetik değişim Genetik sistem genetik bilgi dizi çeşitliliği Moleküler Biyoloji Aracı Çeşitlilik Analizi Çeşitlilik Analiz Cihazı çeşitlilik moleküler dinamikleri simüle et Genotipik çeşitliliği analiz eder Genotipik Çeşitlilik Analizi Gen Çeşitliliği Genetik Haritayı Simüle Genomik Çeşitliliğe Erişim Genetik Çeşitliliği Simüle Genetik Çeşitlilik Simülasyonu Moleküler Genetik Çeşitlilik haploid popülasyonu mutasyonu simüle et moleküler genetik genetik farklılaşma

Simcoal Açıklama

Simcoal, bir dizi tamamen bağlantılı loki için incelenen keyfi bir Haploid popülasyonunda moleküler genetik çeşitliliği simüle etmenize yardımcı olmak için özel olarak tasarlanmış kullanışlı, kullanımı kolay bir uygulamadır. İlk olarak Kingman (1982b; 1982a) tarafından tarif edilen ve bir dizi diğer makaleye açıkça ortaya çıkan retrospektif birleşim yaklaşımına dayanır (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnelly ve Tavaré 1995). Koalesan geri yaklaşımı, geleneksel ileri simülasyonlarda olduğu gibi, tüm nüfusun genetik öyküsünü simüle etmemektedir, ancak bir popülasyondaki farklı demirlerden çekilen gen örneklerinin gene kuşaklarını (birleşme öyküsü) yeniden yapılandırır. Nötr genler için, bu birleştirici süreci esas olarak tarihe ve nüfusun demografisine bağlıdır ve mutasyon işleminden bağımsızdır. Bu program, numunedeki tüm genlerin en son ortak atası (MRCA) 'dan başlayan mutasyonları simüle eder ve üniforma ve sürekli bir poisson süreci varsayan tüm şebeke dallarına bağımsız olarak ekleyin. Bu iki adımı (birleşme-mutasyon) yaklaşımını kullanarak, DNA dizileri, RFLP veya mikrosatellite verilerinin Haploid numunelerinin pek çok kopyası çok hızlı bir şekilde simüle edilebilir. Çok sayıda simüle edilen numunenin analizi, bir analitik türetmenin bulunmadığı istatistikler de dahil olmak üzere, pratik olarak herhangi bir istatistiğin ampirik dağılımını elde etmesini sağlar (Hudson 1993). Programın tipik uygulamaları, karmaşık demografiklerin, darbelerde, karmaşık karışımların veya metapopülasyon sistemleri durumunda gibi popülasyonlar içinde ve arasında genetik çeşitlilik deseni üzerindeki etkisinin çalışmasını içerir. Bu uygulama, Haploid gen veya hapotip örnekleri üretirken, Diploid Weinberg dengesinin hipotezi altında Diploid Weinberg dengesinin hipotezi altında diploid veri, diploid genotipleri oluşturmak için

Simcoal İlgili Yazılım