Stepp: Proteotipik peptidleri değerlendirme için SVM tekniği Proteotipik peptidleri değerlendirme uygulaması
Şimdi İndirin

Stepp: Proteotipik peptidleri değerlendirme için SVM tekniği Sıralama ve Özet

Stepp: Proteotipik peptidleri değerlendirme için SVM tekniği Etiketler

değerlendirmek değerlendirme Peptitlere göz atın peptit ICLL etiketli peptidleri ölçmek MALDI peptidlerini ölçmek Peptidleri ölçmek proteotipik peptid SVM tekniği peptid değerlendirmesi Kodon Kullanımını Değerlendirme değerlendirme

Stepp: Proteotipik peptidleri değerlendirme için SVM tekniği Açıklama

Stepp, bir peptidin LC-MS tarafından nasıl olduğunu temsil eden bir puanı hesaplamak için tasarlanmış gelişmiş bir yardımcı programdır. Program bir protein dosyasını okuyabilir, siliko bir sindirim uygulayabilir ve her triptik veya kısmen triptik peptid için gözlenim puanını hesaplayabilir. Daha büyük (pozitif) puanların bir peptidin daha düşük (negatif) skorların, peptidin proteotipik olduğu tahmin edilmediğinden daha fazla proteotipik olduğu tahmin edildiğini unutmayın. Adımcı tarafından kullanılan SVM modeli, 35 amino asit içeriğinin, şarj, hidrofilikliğin ve proteotipik peptitlerin kantitatif tahmini için polaritenin 35 özelliklerine dayanan basit bir tanımlayıcı alanıdır. Model, bağımsız olarak türetilmiş AMT veritabanıyla (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis) eğitildi ve doğrulandı. SVM, 0.025'ten az bir standart sapma ile ortalama 0.8 olan ortalama doğruluk ölçüsü ile sonuçlandı.

Stepp: Proteotipik peptidleri değerlendirme için SVM tekniği İlgili Yazılım