Sweblast bir sorgu sırasını veya dizileri böler
Şimdi İndirin

Sweblast Sıralama ve Özet

Sweblast Etiketler

sorgu bölmek sıra HLA dizisi Biyosistem dizisi Crlf dizisi bölünmüş dizilim cromatrogram dizisi alikot sırası sorgu sırası bölünme sırası aligh dizisi Dizi gölgelendirici veritabanı dizisi polipeptit dizileri diziler bölmek

Sweblast Açıklama

Sweblast (Sürgülü Pencere Web Tabanlı Blast), Windows, Linux ve Mac'te kullanım için Perl'de yazılmış bir komut satırı programıdır. SWEBLAST.PL'nin ana bileşeni, bir fasta formatında verilen bir sorgu sırasını veya dizileri bölmeyi, seçilen uzunlukta ve örtüşme bir dizi içine bölünür ve bunları art arda Genbank'ın patlama tesisine gönderir. Arama sonuçları, bir alt klasörde, BLAST.TXT, BLAST.TXT, tek bir dosyaya katılır. Bu, ikinci bileşen, SWEBLAST_PARSER.PL tarafından analiz edilir ve sonuçlar, Excel gibi standart bir elektronik tablo programı kullanılarak incelenecek bir dizi CSV dosyası olarak bir alt klasöre yerleştirilir. Mevcut argümanlara veya seçeneklere bakmak için, bir seçenek seçeneğini kullanarak programı çalıştırabilir perl sweblast.pl -help -Help or -h: bu mesajı göster. -input veya -i: Giriş (Veri) dosyası. -Otaput veya -o: çıkış klasörü (isteğe bağlı). -Window veya -W: Pencere Uzunluğu Varsayılan 100 (İsteğe bağlı). -Step veya -s: Adım Uzunluğu - Varsayılan 50 (İsteğe bağlı). -Database veya -D: Aranacak Genbank Veritabanı - Varsayılan NR (İsteğe bağlı). -Program veya -P: Kullanılacak program: Blastn, Blastp, Blastx - Varsayılan Blastn (isteğe bağlı). -xpect veya -e: beklemek (isteğe bağlı). -ENTREZ veya -Q: Entrez sorgusu (isteğe bağlı) BLAST ARAMA SINIRI İÇİN BOOLEAN komutu (Örneğin. "Virüs patates virüsü Y "). -Parse veya -r: sweblast_parser.pl (isteğe bağlı) aramak için. -cutoff veya -c: Hitleri daha büyük bir e-değeri olan (isteğe bağlı) atar. Veya programı argümanlar olmadan çalıştırarak ve istemini takip ederek interaktif menüyü kullanın: perl sweblast.pl

Sweblast İlgili Yazılım