Tagansatör TAGSorter, adaçayı etiket dizilerinin harmanlamasını, sıralamasını, karşılaştırmasını ve tanımlanmasını kolaylaştırmak için oluşturulmuş bir veritabanı programıdır.
Şimdi İndirin

Tagansatör Sıralama ve Özet

Tagansatör Etiketler

etiket veri tabanı veritabanı yöneticisi sıralayıcı adaçayı uzatma Harmanlama

Tagansatör Açıklama

TagSorter, adaçayı etiket dizilerinin harmanlamasını, sıralamasını, karşılaştırmasını ve tanımlanmasını basitleştirmek için oluşturulmuş bir veritabanı programıdır. Gen ekspresyonunun seri analizi (SAGE), gen ekspresyon profillerini ölçmek için yüksek olan bir yüksekliktedir (Velculescu ve diğerleri, 1995). Hem eksprese edilen transkriptlerin kimliğini hem de göreceli bolluğu ortaya koyuyor. Bir gen keşif aracı olarak da kullanılabilir. SAGE kullanımı, 1995'teki buluşu ve gen ekspresyon profillerinin çeşitli dokulardan ve organizmalardan üretildiğinden beri sürekli büyüdü. Adaçayı tekniğine kısa bir genel bakış aşağıdaki gibidir. Messenger RNA, deneysel dokudan toplanır ve her bir mesajın polia kuyruğunun etiketli biotin olduğu şekilde çift sarmallı cDNA'ya dönüştürülür. Bu cDNA, NLAIIII kısıtlama enzimi ile sindirilir ve Biotin etiketini kullanarak 3'-Çoğu NLAIIII sindirim ürünleri yakalanır. Bir BSMFI kısıtlama sitesi adaptörü daha sonra bu fragmanlara bağlanır. BSMFI, DNA'yı tanıma alanından yaklaşık 14 baz çifti konumundaki bir konumda döner. Bu, orijinal dokuda bulunan mRNA transkriptlerinin her birinde tanımlanmış bir konumdan kısa eksprese edilen sekans etiketlerinin (EST) ile sonuçlanır. Bu fragmanlar daha sonra standart bir plazmid vektörüne klonlanan ve dizilendirilmiş bir est concatemer oluşturmak için bir arada bağlanır. Her klon, altmış mrna transkriptine kadar tanımlayıcı etiketleri içerebilir. Her etiketin göreceli konumu bilindiğinden ve 10 baz roman çiftinden oluşur ve NLAIIII bölgesi hariç tutulduktan sonra, üretildiği mRNA transkriptini benzersiz bir şekilde tanımlamaktadır.

Tagansatör İlgili Yazılım