mmass Protein dizisi işleme ve kütle spektrum yorumu için birkaç modül ve araçlar
Şimdi İndirin

mmass Sıralama ve Özet

mmass Etiketler

analiz izleyici veri analizi görüntü yorumlama tercüme Astrolojik Yorumlama protein dizisi protein konsensüs dizisi Kütle spektrometrik spektrum görüntüleyici spektrometrik Protein dizisini analiz edin Protein Sırası Logosu Oluştur protein dizisi logosu yaratıcısı Protein Sırasını Görüntüle Logo Protein Sırasını Karşılaştırın protein dizisini görüntüle protein dizisi görselleştirme Protein Sırasını İndirin Protein Sırası Downloader Kepçe protein dizisi protein dizisini hizalayın Protein Sırası Hizalaması Kütle Spektrum Görüntüleyici

mmass Açıklama

Program MMASS, kitle spektrometrik veri analizi için açık kaynaklı çok platform basit araçlar sunar. MMASS uygulaması, ortak proteomik görevlere odaklanan protein dizisi işleme ve kütle spektrum yorumu için çeşitli modüllerden ve araçlardan oluşur. Ana Özellikler: Çoklu Biçim Desteği: MMASS, MZData ve MZXML gibi çeşitli kütle spektrometri formatlarını destekler. Kütle spektrumları veya en tepe listesi verileri, bir sekme, uzay, virgül veya noktalı virgülle ayrılmış iki sütun (m / z değerleri ve yoğunluk değerleri) oluşan basit ASCII dosyalarından da kolayca alınabilir. Ayrıca, Bruker Daltonic Flex Serisi enstrümanlardan yerel veriler için bir destek var. MMASS'in popüler özelliklerinden biri, boş bir belge açma ve manuel olarak en tepki listesi oluşturma yeteneğidir. Bu özellik, spektrum görüntüsünün veya etiketli tepe noktalarının yazdırılan listesinin yalnızca mevcut olduğu durumlarda özellikle faydalıdır. veri işleme: Son olarak, otomatik tepe toplama, deisotoping, bazal düzeltme ve yumuşatma gibi işleme işlevleri vardır. Kalibrasyon: veri yeniden kalibrasyonu için iki yöntem mevcuttur. İç kalibrasyon, dahili referans değerleri kullanan klasik kalibrasyon yöntemidir. Kapsamlı iç referans değerlerinin listesi mevcuttur ve yeni değerler kolayca eklenebilir. Bazen kendi kendine kalibrasyon olarak adlandırılan istatistiksel kalibrasyon, peptit kütle spektrumları için özel bir yöntemdir. Her iki yöntem için de doğrusal veya ikinci dereceden uydurma kullanılabilir. Sıra Araçları: MMASS, diğer modüller için mevcut herhangi bir protein veya peptid dizisini yapmak için kullanılabilecek bir dahili dizi editörü sağlar. Herhangi bir değişiklik, sabit veya değişken olarak uygulanabilir. Protein sindirimi aracı, belirtilen protein dizisinin siliko enzimatik veya kimyasal sindiriminden kaynaklanan bir peptit listesi oluşturmak için kullanılabilir. Benzer şekilde, peptid parçalanma aracı, ortak peptid parçalarının bir listesini oluşturur. Her iki durumda da, tüm olası değişken modifikasyon kombinasyonları hesaplanır ve sonuç ölçülen verilerle kolayca karşılaştırılabilir. Ek olarak, belirli bir peptid kütlesi için spesifik olmayan bölünmeyi vb. Tanımlamak için sekans arama aracıyla sekans aranabilir. Kütle Hesap Makinesi: Kütle Hesaplama Aracı, verilen formülün izotopik modelini simüle etmek için kullanılabilir ve oluşturulan profil spektrumu gerçek veri ile kolayca karşılaştırılabilir. Bileşik Arama: Bileşik arama aracı, spektrumda kullanıcı tarafından belirtilen herhangi bir bileşiği aramak için kullanılabilir. Her bileşik moleküler formül olarak belirtilir, bu nedenle hem monoizotopik veya ortalama kütle herhangi bir şarjla arama yapılabilir. Ek olarak, bazı ekler de aranabilir. Zirve Farkları: Kütle spektrumlarının yorumlanması tipik olarak, bir spektrumdaki tüm zirveler arasındaki farkların görünüşte hiç bitmeyen bir şekilde kontrol edilmesini içerir. Bununla birlikte, en yüksek farklılıklar aracı, en yoğun listedeki tepe noktaları arasındaki tüm farklılıkların bir tablosunu oluşturabilir. Bu tablo daha sonra, belirli bir tolerans dahilinde, tüm amino asitlerin, hesaplanan dipeptitlerin veya belirtilen kütle değerinin ilgili kütlelerine sahip her bir farkın otomatik olarak karşılaştırılması için kullanılabilir. Maskot Arama: Kütle spektrometresi protein tespiti için çok popüler bir araç olmasına rağmen, halka açık olarak mevcut olan araçlar olmadan mümkün olmazdı. MMASS, verilerin maskot web sitesinde bulunan üç ana alete doğrudan gönderilmesine izin veren bir arayüz sağlar; Peptit Kitle Parmak İzi, Sıra Sorgu ve MS / MS ION Arama.

mmass İlgili Yazılım