Ppha Genotiplerden Haplotypes Infrecing İçin Bir Program
Şimdi İndirin

Ppha Sıralama ve Özet

Ppha Etiketler

analiz happotip Genişletilmiş Haplotipler haplotip analizi Etkileşen genotipler oluşturun Etkileşen genotipler oluşturun nesil dizisi genotipleri filogeny genetik nüfus genotip analizi Haplotipler Analizi keçi haplotipleri 3 Diploid Genotipleri

Ppha Açıklama

PPH, bir ağaç modeline uyacak şekilde (yani mükemmel bir filogeney, bir birleştirici) uygun haplotiplerin olup olmadığını belirlemek için Haplotiplerin genotiplerden atılmasının bir programı olarak geliştirilmiştir. Daha fazla nüfustan genetik terimlerde, PPH, bir SNP genotipinin bir snp genotiplerinin, rekombinasyonun olmayan, sonsuz alan modelinin altında bir bir kuyruğa gelişebilecek haplotip çiftleri ile açıklanamayacağını belirler. Dolayısıyla, SNP genotipi verilerini, üç veya dört gamet testinin (ağacın köklü olup olmadığına bağlı olarak) haplotip verileri için belirler. PPH programında, giriş verilerinin formatını sorduğunda, aşağıda açıklandığı gibi 1 ile 7 arasındaki sayılardan birini seçin. Giriş formatı çıkış formatını belirler. Bu programı kullanmak için adım adım: 1. Programı başlatmak için "PPH.EXE" yazın. 2. Lütfen dosya adını girin: Genotip veya haplotip bilgileri içeren dosyanın dosya adını girin. 3. Lütfen dosya biçiminin numarasını girin: (Lütfen "Format.txt" dosyasına bakın): Bu program yedi farklı biçim türünü okuyabilir. Lütfen dosyaya bakın Formatlar hakkında daha fazla bilgi için "format.txt". Giriş değeri 1 ila 7 arasında olmalıdır. 4. Lütfen atalarının vektörünü tutan dosya adını girin, yani, ağacın kökündeki karakter durumlarını belirten ikili vektör. İki özel önem özelliği vardır. Atalarda devletler hepsi-0 ise, varsayılan dava için sadece "D" girin; Atalar devletlerini tanımıyorsanız, çoğunluk vektörü için "M" girin). Bu durumda, program verilen genotipleri gelişebilecek şekilde açılmamış bir ağaç olup olmadığını belirleyecektir. 6. Bir çıktı dosyası oluşturulacaktır. Çıktı dosyasının adı "çıktı". Çıktı formatları hakkında bilgi için, dosya formatına bakın. 7. Program ayrıca çıktının tutarlılığını da kontrol eder. Yani, her bir çıkış haplotip çiftinin aslında doğru giriş genotip vektörüne uygun olduğunu kontrol eder. Program, bu doğrulama adımının sonucunu bildirir.

Ppha İlgili Yazılım