| Proteotipik peptidleri değerlendirmek için SVM tekniği STEPP, değerlendiren bir proteotipik peptid araçlarıdır. |
Şimdi İndirin |
Proteotipik peptidleri değerlendirmek için SVM tekniği Sıralama ve Özet
- Yayıncı adı:
- Pacific Northwest National Laboratory
- İşletim sistemleri:
- Windows XP/2000/98
Proteotipik peptidleri değerlendirmek için SVM tekniği Etiketler
Proteotipik peptidleri değerlendirmek için SVM tekniği Açıklama
Adımlı yazılımı, bir peptidin LC-MS tarafından nasıl olduğunu temsil eden bir puanı oluşturan bir skoru hesaplayabilen eğitimli bir SVM'nin (Destek Vektör Makinesi) uygulanmasını içerir. Program bir protein dosyasını okuyabilir, siliko bir sindirim uygulayabilir ve her triptik veya kısmen triptik peptid için gözlenim puanını hesaplayabilir. Daha büyük (pozitif) puanların bir peptidin daha düşük (negatif) skorların, peptidin proteotipik olduğu tahmin edilmediğinden daha fazla proteotipik olduğu tahmin edildiğini unutmayın. Adımcı tarafından kullanılan SVM modeli, 35 amino asit içeriğinin, şarj, hidrofilikliğin ve proteotipik peptitlerin kantitatif tahmini için polaritenin 35 özelliklerine dayanan basit bir tanımlayıcı alanıdır. Model, bağımsız olarak türetilmiş AMT veritabanıyla (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis) eğitildi ve doğrulandı. SVM, 0.025'ten az bir standart sapma ile ortalama 0.8 olan ortalama doğruluk ölçüsü ile sonuçlandı.
Proteotipik peptidleri değerlendirmek için SVM tekniği İlgili Yazılım