İndelExtractor IndelExtractor, bir indel'in maskesine ek olarak farklı hizalama maskeleri üreten bir uygulamadır.
Şimdi İndirin

İndelExtractor Sıralama ve Özet

İndelExtractor Etiketler

hizalama sekans indel çıkarıcı İndel Hizalama hizalama maskesi indel

İndelExtractor Açıklama

IndelExtractor, bir indel maskesine ek olarak farklı hizalama maskeleri üreten bir uygulamadır. Moleküler bir sekans hizalaması, moleküler filogenetik analizin temelidir, ancak genellikle en az kabul edilen yönlerden biridir. Hizalamalar genellikle "gözle düzenlenebilir" veya analizden önce çıkarılabilecek (yani indel bölgeleri) hizalamayı zorlaştıran veya analizden önce çıkarılması zor olan pozisyonlar içerir. İndel'in indirgenlerin kolay tanımlanması ve çıkarılması için maskesi ve çevresindeki belirsiz hizalamalar. Hizalama maskeleri, bir hizalamanın 'maskelenmiş' ve / veya 'maskelenmemiş' konumlarını birçok farklı dosya biçimine kaydetmek için kullanılır.indelextractor . IndelExtractor'un güçlü dosya formatı kullanımı sonucunda; Basitçe sıra ve hizalama dosyası formatı dönüşümleri için kullanabilirsiniz! İşte "IndelExtractor" nun bazı önemli özellikleri: · Giriş / Çıkış Formatları · IndelExtractor, birçok sekans ve hizalama girişi / çıkış dosyası formatlarını ve genel sekans için bioperl'in gücünü kullanır. Taşıma ve manipülasyon. Bu nedenle, birçok sıra ve hizalama dosyası formatı desteklenir ve dosya uzantıları ile tanınırlar. Dosyaların, IndelExtractor'un doğru dosya biçimini doğru bir şekilde belirleyebilmesi için uyumlu bir dosya uzantısına sahip olmalıdır. · Hizalama maskeleri · IndelExtractor başlangıçta indel tanımlama ve çıkarma görevini otomatikleştirmek için geliştirilmiştir. Bunun için, indel maskesi geliştirildi, böylece hizalamadaki her pozisyon, bir indel (maskeli bölgelerin) ve (maskelenmemiş bölgeler) (maskelenmemiş bölgeler) bir parçasını oluşturan pozisyonları tanımlamak için bir fikir birliği tarzı dizisindeki bir karakter tarafından temsil edildi. Bununla birlikte, ek maskeler artık mevcuttur: Değişken, değişken ve fikir birliği maskeleri. Bir maske üretildikten sonra, alt hizalamaları (maskelenmiş / maskelenmemiş pozisyonlar) dosyaya veya daha fazla bilgi olarak daha fazla bilgi verilirken, tüm hizalamayı dosyaya kaydederken daha fazla bilgi zengin hizalama formatlarında (örneğin) kaydetmek için kullanılabilir. · Yardımcı özellikler · IndelExtractor'un özellik seti, CLUSTALW'yı, indelekstractor içinden yapılması ve NCBI veritabanlarına karşı dizileri patlatabilme yeteneğini kullanarak dizilerin hizalanmasına izin vermek için uzatılmıştır; IndelExtractor'un tercihleri ile her ikisi de mevcut olması için seçenekler.

İndelExtractor İlgili Yazılım