Bio :: Sage :: Karşılaştırma BIO :: SAGE :: Karşılaştırma modülü, gen ekspresyonunun (SAGE) kütüphanelerinin seri analizinden gelen verileri karşılaştırır.
Şimdi İndirin

Bio :: Sage :: Karşılaştırma Sıralama ve Özet

Bio :: Sage :: Karşılaştırma Etiketler

Perl modülü gen analizi Adaçayı analizi gen ADAÇAYI

Bio :: Sage :: Karşılaştırma Açıklama

Bio :: Sage :: Karşılaştırma modülü, gen ekspresyonunun (SAGE) kütüphanelerinin seri analizinden gelen verileri karşılaştırır. Bio :: Sage :: Karşılaştırma Modülü, Gen Ekspresyonunun (SAGE) Libraries'in seri analizinden gelen verileri karşılaştırır. $ Sage = Bio :: Sage :: Karşılaştırma-> Yeni (); Bu modül, gen ekspresyonunun (SAGE) kütüphanelerinin seri analizinden üretilen verileri karşılaştırmak için çeşitli araçlar sağlar. Gen ekspresyonunun (adaçayı) analizi Hücre popülasyonunun transkriptomunun neredeyse bir anlık görüntüsü. Kısaca, teknik, kopyalanmış mRNA'nın tanımlanmış pozisyonlarında kısa dizileri çıkarır. Bu kısa diziler daha sonra DITAG'leri oluşturmak için eşleştirilir. DITAG'ler, daha sonra klonlanmış uzun diziler oluşturmak için birleştirilir. Klonlanmış DNA daha sonra sıralanır. Daha sonra orijinal kısa etiket dizilerini belirlemek ve progenitör mRNA'sını türetmek için biyoinformatik teknikler kullanılır. Belirli bir etiketin gözlendiği zamanın sayısı, belirli bir transkript miktarını ölçmek için kullanılabilir. Orijinal teknik, Velculescu ve ark. (1995) ve ~ 14bp dizisi etiketini kullandı. Saha ve ark. Tarafından modifiye edilmiş bir protokol tanıtıldı. (2002) ~ 21bp tags.purposethis modülü üreten, adaçayı kütüphanelerinin karşılaştırılmasını kolaylaştırır. Özellikle: 1. İfade farklılıklarının istatistiksel önemini belirlemek için hesaplamalar. 2. Dinamik olarak daha uzun etiket kitaplıklarını kıyaslama için daha kısa bir türe dönüştürün (örneğin, bir longsage vs. normal bir adaçayı kütüphanesi) .Both normal adaçayı (14mer etiketi) ve longsage (21Mer etiketi) bu modül tarafından desteklenir. Kütüphanede belirgindir. Karşılaştırmalar, Audic ve Claverie (1997) tarafından açıklanan yöntem kullanılarak hesaplanır. Kod, yazarların orijinal C kaynağını doğrudan sınırlayarak üretildi.

Bio :: Sage :: Karşılaştırma İlgili Yazılım