Rdkit Cheminformatics ve Makine Öğrenme Yazılımı
Şimdi İndirin

Rdkit Sıralama ve Özet

Rdkit Etiketler

öğrenme Python Kütüphanesi makine makine öğrenme KİMYASALAK ÖĞRENME Cheminformatics

Rdkit Açıklama

KİMYASALAR VE MAKİNE ÖĞRENME YAZILIMI RDKIT, veri yapılarına, algoritmalara ve kement için komut dosyalarına sahip bir Python kütüphanesidir. General moleküler işlevsellik Giriş / çıkış: Gülümler, Mol, SDF, TDT "Kemilformatiği": - Smarts ile Alt Yapı - Kanonik Gülümsemeler - Kirallık Desteği - Kolay Seralizasyon (Molekül Metni) 2D tasviri (kısıtlı tasvir dahil) Mesafe geometrisi ile 2D -> 3D üretimi Geometrileri temizleme için UFF uygulaması Parmak izi (gün ışığı benzeri, "Maccs tuşları", vb.) Benzerlik / çeşitlilik toplamaGenel moleküler İşlevsellik, CNTD Subgraph / Fragment Analizi Gasteger şarjları Şekil esaslı benzerlik Molekül molekül hizalaması Moleküler dönüşümler (Smarts kullanarak) Genel "QSAR" İşlevsellik Moleküler tanımlayıcı kütüphane: - Topolojik (3, Balaban J, vb.) - Elektrotopolojik Durum (Emlak) - Clogp, MR - "Moe," VSA Tanımlayıcıları gibi - Diğerleri Öğrenme: - Kümelenme - Karar Ağaçları, Naïve Bayes *, KNN * * Fonksiyonel, ancak harika bir uygulama değil - torbalama, rastgele Ormanlar - Altyapı: Veri bölümü Karıştırılması Çanta dışı sınıflandırma Serileştirilebilir modeller Zenginlik arazileri, tarama, vb.m.comMand Line Araçları ML / BuiltComposite.py: Yapı Modelleri ML / ScreenComposite.py: Ekran Modelleri ML /Enrichplot.py: Zenginleştirme Arsa Verileri Oluşturma Ml / AnalyzEcomposite.py: Analiz Modelleri (Tanımlayıcı Seviyeleri) Kimyasal / Parmak İzleri / ParmakPrintmols.py: 2D Parmak İzi Üretim Kimya / BuildFragmentCatalog.py: Hiyerarşik Katalog Gereksinimleriyle Kılıf-Tip Analizi : · Python Bu sürümde yenilikler: · RDKit Python modüllerinin kurulumunu daha basit hale getirmek için dağıtımın dizin yapısı değiştirilmiştir. Özellikle $ RDBASE / Python dizini $ RDBASE / RDKIT'e yeniden adlandırıldı ve Python Kodu şimdi $ RDBASE'nin PythonPath'ınızda olduğunu bekliyor. Rdkit Python modüllerini içe aktarırken, şimdi "İçe Aktar" yerine "RDKIT İçe Aktarma Kimliği" nden yapılması gerekir. PythonPath'ınıza $ rdbase / rdkit eklerseniz, eski kod çalışmaya devam edecektir, ancak yeni organizasyonu yansıtmak için komut dosyalarınızı güncellemeniz şiddetle önerilir. · C ++ programcıları için: atomların ve tahvillerin moleküllerde depolandığında geriye doğru uyumlu bir değişiklik var. Detaylar için * diğer * bölümüne bakın. Teşekkürler · Kirk Delisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter GeDeck, Armin Widmer Bug Düzeltmeler · Halka kapatma rakamları olarak 0'ların yanlış kullanımı (sorunlar 2525792 ve 2690982) · Tepkilerde açık HS ile atomların yanlış kullanımı (Sayı 2540021) · Smilesmolsupplier.getitemtext () çökmeleri (Sayı 2632960) · Reaksiyon Smarts'ta Nokta Ayrımlarının Yanlış Kullanımı (Sayı 2690530) · Büyük moleküller için Mol bloklarında kötü şarj hatları (Sayı 2692246) · Atıcımcılıkta Sipariş BağımlılığıTagSfromSthucturure (Sayı 2705543) · 2D Farmakofor Kodunda Sipariş Bağımlılığı · LayeredFingerPrints artık aromatik atomlar arasındaki aromatik olmayan tek halka bağlarını doğru şekilde tutuyor. Yeni özellikler · BRICS UYGULAMASI · Morgan / dairesel parmak izi uygulaması · 2D farmakofor kodu şimdi standart RDKIT FDEF dosyalarını kullanıyor. · CTABS'deki Atom Parite Bilgileri Şimdi yazılıp okunur. Okuma üzerinde mevcutsa, ATOM parite bayrakları "Molparity" atomik özelliğinde depolanır. · Atom çiftlerine ve topolojik burulma parmak izlerine isteğe bağlı bir "fromatomlar" argümanı eklenmiştir. Bu sağlanmışsa, yalnızca belirtilen atomları içeren atom çiftleri veya belirtilen atomlarda başlayacak veya biten burgular parmak izi içine dahil edilecektir. · Keküllendirme artık CTAB'leri üretirken isteğe bağlıdır. MDL spesi, aromatik tahvillerin kullanılmamasını önerdiğinden, bu öncelikle hata ayıklama amaçlıdır. · Removestereochemisty () (Python'dan Removestereochemistry ()) fonksiyonu bir molekülden çıkarmak için eklenmiştir. Diğer · $ RDBASE / RDKIT / QTGUI ve $ RDBASE / RDKIT / QTGUI ve $ RDBASE / Projects / SDView'daki QT3 tabanlı GUI işlevselliği kullanımdan kaldırılmıştır. Hala çalışıyor olmalı, ancak gelecekteki bir sürümde kaldırılacak. Lütfen bu (çok eski ve creaky) çerçevesinde yeni bir şey yapmayın. · DaylightFingerPrintmol () işlevi artık kullanımdan kaldırıldı, bunun yerine rdkfingerprintmol () kullanın. · C ++ programcıları için: Romol yöntemleri getAtompmap () ve getbondpmap () kaldırıldı. Moleküller şimdi, grafik yineleyicileri (örneğin, E.G. ROMOL: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: agacency_iterator) karşılık gelen atomlara ve bağlara dönüştürmek için kullanılabilecek bir operatör [] () yöntemini desteklemektedir. Bir atomun tahvillerini aşmak için yeni API: ... Molptr bir Const Romol * ... ... Atomptr bir Const Atomu * ... Romol :: OEDGE_ITER BEG, SON; Boost :: tie (BEG, UND) = MOLPTR-> GETADOMBONDS (ATOMPTR); iken (yalvar! = ucu) {const bond_sptr bond = (* molptr) ; ... Bond ile bir şeyler yapın ... ++ yalvarıyorum; } Bir molekülün atomunun üzerinde döngü için yeni API: ... MA, bir romol ... ROMOL :: Vertex_Iter Atbegin, atend; Boost :: tie (atbegin, atend) = mol.getvertices (); (Atbegin! = atend) {atom_sptr at2 = mol ; ... Atomu ile bir şeyler yapın ... ++ AtBegin; }

Rdkit İlgili Yazılım