CLC genomik tezgahı ücretsiz indirme, yazılım indirmede CLC genomik tezgahı indirme

Gelecek nesil sıralama verilerini analiz etmenizi ve görselleştirmenizi sağlar. CLC genomikleri, yeni nesil sıralama verilerini analiz etmek ve görselleştirmek için yeni çözümümüzü çalışın. CLC genomik tezgahı, en son teknolojiyi ve algoritmaları içerirken, ayrıca tipik NGS iş akışınızın geri kalanıyla desteklenir ve entegre ederken, Tipik NGS işgücü. Yazılımı çalıştıran makinede RAM. CLC genomik tezgahı ayrıca SNP algılama, De Novo Meclisi ve çok sayıda aşağı akış analizini destekleyebilir. İşte "CLC Genomics Workbench" nin bazı önemli özellikleri: · SANGER, 454, ILLUMINA genom analizörü, Helicos ve katı verilerin de Novo Meclisi. · Sanger, 454, Illumina Genom Analyzer, Helicos ve Katı Sıralama Verilerinin Referans Meclisi. · Karışık veri kümelerinin referans montajı (örneğin, 454 ve illumina genom analizörü). · Herhangi bir boyuttaki genomların referans montajı. · Standart okuma verilerinin montajı ve eşleştirilmiş uçların montajı için destek / eş çifti herhangi bir sıralama teknolojisinin okunması okur. · Büyük ölçekli mutasyonların ve yeniden düzenlemelerin tespiti için gelişmiş grafiksel araçlar. · Tek okur - kapsama ve çatışmalar. · Eşleşmiş uçlar okur - grafiksel genel bakış. · Eşleştirilmiş uçlar okur - ekleme ve silme. · Eşleştirilmiş uçlar okur - çoğaltma ve ters çevrimi. · Dosya adı ile multipleks dizilimi destekleyin. · Örnek spesifik etiketle multipleks sıralama desteği. · Örneğin, örneğin ek açıklamalara göre referans düzeneğinin maskelenmesi. ekzonlar. · CLC BIO'nun yüksek performanslı bilgi işlem çözümleriyle entegrasyon, montajları çok hızlı hale getirir. · Sıralama okumaları, kalite verileri ve referans dizileri de dahil olmak üzere genom tertibatlarının etkileşimli ve yakınlaştırılması. İzleyicilerin aşağı akış analizleriyle tam entegrasyonu. · Kalite raporlaması ve ham verilerle ilgili istatistikler. · Bu sihirbaz, paralel etiketli sekans verilerini işlemek için kullanılır. Etiketli numunelerin kullanımı, gelecek nesil sıralayıcıların 'nin sıralanma proselliğini önemli ölçüde artırabilir. Bu karışık veri örneğinin analizi, genomik tezgah tarafından yapılır. · Matthias Meyer, UDO Stenzel ve Michael Hofreiter, "454 platformda sıralanan paralel", doğa protokolleri 3, - 267 - 278 (2008) · Bu sihirbaz, paralel etiketli sekans verilerini işlemek için kullanılır. · Okumaların filtrelenmesi ve kesilmesi. · Gelişmiş SNP algılama. · SNP Raporlama. · CLC Bioinformatik Veritabanı ile entegrasyon desteği. Gereksinimler: · 256 MB RAM gerekli. · 2 GB RAM önerilir. · 1024 x 768 Ekran önerilir. · 3B görüntüleme, OpenGL 3D grafik sürücüsü gerektirir (hemen hemen tüm grafik kartlarıyla birlikte). · 10 mega baz'a kadar genomların montajı ve analizi: 2 GB RAM gerekli; 4 GB RAM önerilir. · Daha büyük genomların montajı ve analizi: 2 GB RAM gerekli; 8 GB RAM önerilir. · 64 bit bilgisayar ve işletim sistemi 2 GB'den fazla RAM için önerilir. Sınırlamalar: · 30 gün deneme süresi. Bu sürümde yenilikler: · Referans Montaj Algoritması Çalışırken Uzun Okumalar için Global Hizalama · Referans düzeneğini çalıştırırken renk alanı hizalaması · Büyük veri setlerine sahip tüm işlemlerin önemli ölçüde iyileştirilmesi RNA-SEQ Analizi: · Performans Optimizasyonu: 44 Mio'luk bir koşu, fare genomuna karşı okur şimdi 32GB RAM ile sekiz çekirdekli bir bilgisayarda 32 dakika sürer. Bu iki saatten fazla oldu. Önceki sürümüyle, çok sayıda küçük geçici dosya oluşturuldu ve silindi ve bu uzun zaman aldı ve Comupter'ın genel yanıt vermesini etkiledi. Buna karşılık, yeni sürümle yalnızca geçici dosyaların küçük bir kısmı oluşturulur. · Bir Exon-Exon kavşağını kapsayan okumaların gerekli ekzon örtüşmesini belirleme seçeneği. Daha fazla oku... · Montaj işlemine istatistiksel genel bakış veren yeni RNA-SEQ raporu. Daha fazla oku... · Sonuç tablosu şimdi ekzon-ekzon ve intron-eksenli bağlantı yolunu okur. · Sonuç tablosu şimdi genlerin kromozom konumunu bildirdi. Daha fazla oku... · Exon-Exon kavşaklarını açıklayan okumaların görselleştirilmesi. Daha fazla oku... · Intron-Exon'a eşit derecede iyi eşleştirmeyi okur ve ekzon-ekzon sınırları artık benzersiz ekzon-ekzon yayılma okunması olarak tanımlanır. · RPKM, kullanım kılavuzunda daha iyi tanımlanmıştır. Daha fazla oku... · Çoklu isabet için varsayılan ayar şu anda Mortazavi kağıdında olduğu gibi 10'dur Devamını oku ... · Çok kısa okumalar artık daha fazla uyuşmazlıklara izin veriyor. İfade Analizi: · Volkan Arazileri: Artık X ekseni üzerinde çizecek değerleri seçebilirsiniz. "Fark" ve "katlama değişikliği" arasında seçim yapın. Daha fazla oku... · Bar arsalarının masa görünümü, çubuk arsasında gösterildiği gibi aynı aralıkları gösterir. · Tabak biçiminde ifade dizi verileri için genel ithalatçı. Daha fazla oku... · Ekspresyon deneyi için genel ithalatçı tablo biçiminde ek açıklama verileri. Daha fazla oku... · Gen ontolojisi (GO) dosyaları artık bir ifade denemesini açıklamak için kullanılabilir. Daha fazla oku... · Tag profilleme: artık etiket örneklerini açıklamaya izin verilmiyor, sadece deneyler · Deney tablosunun yan paneli, daha iyi genel bakış sağlamak için yeniden düzenlenmiştir. Daha fazla oku... Yüksek verimli sıralama verilerini alma: · İthalat aracı araç kutusundan dosya menüsüne ve araç çubuğuna taşındı. Daha fazla oku.. · SAM Hizalama formatının ithalatı ve ihracatı. Daha fazla oku... · Eland Hizalama formatı da dahil olmak üzere sekmeyle sınırlandırılmış biçimde hizalama verilerinin alınması. Daha fazla oku... · Illumina Qseq dosya formatının ithalatı. Daha fazla oku... · 454 verideki linker, mükemmel olmayan maçlar için de bulunur ... Contigs'in Geliştirilmiş Görselleştirilmesi: · Eşleştirilmiş nihai okumaların iç kısmındaki hizalı nükleotitler şimdi gösterilir · Eşleşmiş uçlu okumalar, çiftleri boşluk yerine eşyayı bağlayan tek bir satıra sahiptir. · Hizalı / düzenlenmemiş sınırı taşımak için sürükle tutamaklar yalnızca okunumun temellerini gördüğünüzde gösterilir. Bu,% 100 veya daha fazla ve "Kompakt Değil" veya "Düşük" kompaktlık seviyelerine yakınlaştırmanız gerektiği anlamına gelir. Aksi takdirde sürükleme için kulplar mevcut değildir (bu görsel genel bakış daha basit hale getirmek için yapılır). Daha fazla oku.... · Örtüşen çiftleri görüntülemek mümkündür · Bir montajdan atanmamış okumalar şimdi eşleştirilmiş bitiş durumlarını korur (bu aynı zamanda iki listeyi alabileceğiniz anlamına gelir - biri çiftler ve biri kırık çiftlerin geri kalanıyla birlikte · SNP algılama çıkışı tablosu şimdi aynı kodonda birden fazla eşanlamlı olmayan SNP'ler varsa raporlar · SNP Algılama İletişim Kutusu: Kalite puanları eksik olduğunda kalite filtreleme artık devre dışı bırakılmaz. Performans sorunları nedeniyle, kalite puanlarının mevcut olup olmadığını kontrol etmek mümkün değildir. SNP algılama, kalite puanları mevcut değilse kalite puan filtrelemesini atlayacaktır. · SNP algılama: Frekansı yüzde 1'den az olan varyantları tespit etmek mümkündür. · ContiG Raporu şimdi, hem kaplı bölgeler hem de tüm referans için kapsam hakkında bilgi içeriyor. Daha fazla oku... · Boşluklar dahil olmak üzere fikir birliği dizisini açma, Konsensüs dizisi başlamadan önce NS'yi de koyacaktır ve bittiğinde · Döşeme işlevselliği şimdi, önceden tanımlanmış bir sayıda nükleotid sayısını bir okuma sonundan kesme seçeneğini içerir. Daha fazla oku... · Ağ Geçidi Klonlama. Ağ geçidi girişi ve ifade klonları oluşturmak için basit ve kullanımı kolay destek. Daha fazla oku... · Kayıtlı tüm primerleriniz arasında eşleşmeleri arayın. BILD CINTING Siteleri Aracı, şimdi tüm primerlerinizi aramanıza izin vermek için büyük ölçüde geliştirilmiştir. Ek olarak, bağlayıcı sitelerin ve olası parçaların tablo çıkışını da alırsınız. Daha fazla oku... · Silico PCR'de: PRIMER çifti ve şablon dizisine (astar uzantıları dahil) bağlı PCR ürününü oluşturun. Geliştirilmişlerin bir parçası olarak bağlayıcı siteleri bulun ve fragmanlar aracı oluşturun, PCR ürününü parçaların listesinden sağ tıklama menüsünden çıkarabilirsiniz. Daha fazla oku... · Astar özgüllüğünü kontrol edin. Geliştirilmiş Bağlama Alanları Bulun ve Fragmanlar Aracını Oluşturun, Potansiyel Hedef Dizilerin listesinde bir primer çifti ile arama yapabilirsiniz ve potansiyel PCR fragmanlarının yanı sıra bağlayıcı sitelerin ve uyumsuzlukların yanı sıra bir genel bakış tablosu. Daha fazla oku... Dağıtım: · Workbench ilk kez başladığında kullanılan varsayılan veri konumuna bir yol ayarlayabilirsiniz. Bu, sistem yöneticilerinin varsayılan başına yeni kurulumların verilerini kaydettiğini kontrol etmelerine yardımcı olacak bir özelliktir. Daha fazla oku... · İnternete erişen araçları kaldırma (NCBI patlaması, güncelleme bildirimleri vb.). Daha fazla oku... Genel ithalat ve ihracat: · GFF dosyalarından karmaşık bölgelerin ithalatı için destek · Excel formatında tabloları ve raporları dışa aktarın. · Kullanım kılavuzunun ithalat bölümünü daha iyi genel bakış sağlamak için yeniden yapılandırılmıştır .... Expression Veri İthalatçıları artık teknik detaylarda ayrı ayrı bir bölümde açıklanmaktadır .... · Şimdi Fastra formatında birden fazla sıra listesini dışa aktarabilirsiniz. · Zorunlu zip dosyaları ithalatı şimdi destekleniyor (zip dosyasının içeriğini içe aktarmaya zorlayacak) · Standart ithalat şimdi GZIP ve TAR dosyalarını ve zip yanı sıra · Zorunlu bir içe aktarma başarısız olursa, neyin yanlış gittiği hakkında daha teknik bilgi olacak ve içe aktarma dosyalarının kötü biçimlendirilmesine izin vermenizi sağlar. · Hem GENBANK hem de GFF İthalatçısı şimdi bir gen adı olmayan genlerin adlandırılması konusunda birkaç girişimde bulunuyor. Aşağıdaki nitelikleri yinelemeyi deneyin: "Ürün", "Locus_tag", "Protein_id" ve "Transcript_id" · Belirtilen uzunluktaki uzunluğu gerçek sırayla eşleşmiyorsa, bir uyarı gösterildiğinde, bir uyarı gösterilirken, dizi kabul edilir. · CSV formatında dışa aktarırken, yerel ayar ayarları virgül veya yarı-kolonların sınırlayıcı olarak kullanılması gerektiğini belirlemek için kullanılır (virgüller, ABD yerelleri için kullanılan virgül) · Karmaşık açıklamaları kabul etmek için GFF eklentisi güncellendi Çeşitli: · Açıklama tablosunu kullanarak açıklamaların gelişmiş retiplenmesi. Daha fazla oku... · Tam bir disk veri tasarrufunu önlediğinde durumların iyileştirilmesi · Arama tablosundan sürükle ve düşüşü kullanarak dizileri indirmek artık klasördeki bir "indirme ..." düğümü oluşturmaz. İndirme işlemi işlemler sekmesinde izlenebilir. · Astar tasarımı artık 5000 bp'den daha uzun PCR fragmanlarını destekler. · MANU'dan Toolbox-> Genel Sıra Analizine Dosyadan Çıkarılan Sıralar. Daha fazla oku... · Çeşitli diyaloglarda daha iyi ilerleme geribildirimi Hata düzeltmeleri: · RNA-SEQ deneylerini ayarlarken genlerin sırasına göre sorun. Giriş dizilerinin sırası tüm örnekler için aynı değilse, deney yanlış olurdu. · Katı eş çift verilerinin yanlış yönlendirilmesi · Sekmelerin adlandırılması ile sabit sorun. Düzeltme, Windows ve Linux kaydedilmemiş verilerinin şimdi sekme adını cesur ve italik yapmak yerine A *'yu aldığı anlamına gelir. (Bu her zaman Mac OS X'deki davranış olmuştur). · Verileri kopyalarken ve sonra klasörü güncellerken "Kopyalama ..." etiketini gösteren sabit sorun · Montaj yaparken yanıltıcı etiket 15 bp'den daha kısa okur. Şimdi bu okumaların montajda göz ardı edileceğini söylüyor

CLC genomik tezgahı İlgili Yazılım