Prodar Aday protein yapısal hizalamaları için PDB dosyalarını ara
Şimdi İndirin

Prodar Sıralama ve Özet

Prodar Etiketler

protein sıra Pdb Protein hizalaması

Prodar Açıklama

Protein radarı olarak da bilinen Prodir, aday yapısal hizalamalar için PDB'yi sorgulayan bir arama aracı olarak inşa edilmiştir. Aramaya giriş, standart (metin) PDB dosyasından okunan bir protein omurgası yapısıdır ve döndürülen sonuçlar yalnızca sıralama bilgisi ile ilgili olarak omurganın yapısal benzerliğine dayanır. Prodar, kısmi eşleşmeleri tanımlar, böylece, sorgu yapısının nispeten küçük bir bölümünün, zincirlerin göreceli büyüklüğünden bağımsız olarak PDB'deki diğer yapıların bölümlerine karşı eşleştirilebilir. Amaç, aracın, aksi takdirde farklı protein yapılarındaki ortak alanları ve motifleri otomatik olarak tanımlamasıdır. Bunlar daha sonra bir RMSD bulmak için farklı bir araçta yapısal olarak hizalanabilir (Protar sadece önerilerde bulunur).

Prodar İlgili Yazılım