 | MeltsimDNA eriyen simülatörü |
| Şimdi İndirin | |
Meltsim Sıralama ve Özet
Reklamcılık
Meltsim Etiketler
Meltsim Açıklama
MeltSIM, erime (denatürasyon) eğrilerini (türev profilleri) ve DNA haritalarını, genlerden genomlara hesaplamak için istatistiksel-mekanik bir programdır. Model, döngü entropisinin eklendiği tek boyutlu ising lattice'dir. Orijinal algoritma, Polonya ve Scheraga ve Polonya'nın, FixMan ve döngü entropisinin bir toplamı ile döngü entropisinin çok yaklaşımıdır. Polonya'nın orijinal algoritmasındaki parametreler Blake ve Delcourt tarafından değerlendirildi ve gözlemlenen ve hesaplanan TM, genlikler, genişlikler ve denge koşullarında elde edilen geçiş alanları arasında nicel bir anlaşma sağlar. Program, operasyonun sonuçlarını önemli bilgiler ve işlemleri gözden geçirmenizi sağlayan bir günlük dosyasında saklar. Ana Özellikler: Giriş (Sequence) dosyası özel bir format gerektirmez. Bazlar büyük ve / veya küçük harflerde olabilir ve hiçbir satır sonu gerekmez. Bununla birlikte, yalnızca A, C, G ve T harfleri bazlar olarak sayılır. derleme adı verilen yardımcı başvuru ile, Genbank-formatted dosyalarındaki spesifik sekans konumları, Windows için Meltsim 1.0 tarafından dönüştürülebilir ve okunabilir. Giriş dosyasının ilk satırı, Pound işareti (#) ile başlayan metin içeriyorsa, grafiğin üstüne bir başlık otomatik olarak eklenecektir. bazlar normalde 100.000 bp blokları ve D (THETA) / DT (eritilmemiş kısmın ilk türevi, sıcaklıkta) ve T değerlerinin daha fazla baz okunurken ortalama olarak okunur. Erime harita dosyası erimiş en son blok için veri verir. Windows için Meltsim 1.0, giriş dosyasında bir yıldız işareti (*) ile işaretlenmiş bloklarda eritmeye yönlendirilebilir. Ayrıca, bir dizinin herhangi bir bölümünü başlatma ve duraklar vererek okuyabilir. Birden fazla giriş dosyaları, dosya adındaki yıldız eşyası (*) kullanarak sırayla eritilebilir. Otomatik baskı işlevi ile, Windows için Meltsim 1.0, herhangi bir sayıda dosya üzerinde çalışmaya bırakılabilir, grafikleri yazdırın. Bir çıkış dosyası eritme eğrisi koordinatları (D / DT, T'nin bir fonksiyonu olarak) üretilir. Başka bir çıktı dosyası, eritme harita koordinatlarının (T ve THETA'yı, ayarlanabilir boyutta bir alanın üzerinden ortalama olarak, taban konumunun işlevleri olarak) üretilir. Önceki eritmeler, Windows için Meltsim 1.0'a geri okunabilir, ayrıca herhangi bir XY koordinat dosyası, karşılaştırma veya referans için kullanmak isteyebilecek herhangi bir XY koordinat dosyası. TM değerleri, bir entegrasyon işlevi kullanılarak herhangi bir eğri üzerinde hesaplanabilir. TM'nin değeri, bir çizgi ile birlikte grafikteki TM'de görüntülenir. eğrileri ve erime haritası çeşitli şekillerde ölçeklendirilmiş olarak görüntülenebilir ve pencere, yazdırıldığında grafiğin nasıl görüneceğini gösterir.
Meltsim İlgili Yazılım
